使用script param在Snakemake中指定Python版本

Question

我有一些代码，我正在合并到一个蛇形管道。我还希望能够独立于Snakemake运行代码，所以我想编写灵活的代码。我有一个可以被Snakemake读取的配置文件，还有一个备用的配置文件，如果代码在Snakemake之外运行，它将被解析。在

我在我的蛇形文件中的一条规则中有以下结构：

rule some_rule:
    input:
        input_file
    output:
        output_file
    script:
        runfile.py

然后在runfile.py中，我测试脚本是否在Snakemake中运行，如下所示：

^{pr2}$

这很好，只是我在一个虚拟环境中工作，我想要使用的Python版本与Snakemake默认使用的版本不同。 因此，我不得不对规则进行如下调整：

rule some_rule:
    input:
        input_file
    output:
        output_file
    shell:
        /path/to/python runfile.py

但是现在因为我使用的是shell而不是script，我无法访问python文件中的global参数“snakemake”。在

所以我的问题是

（i）我可以指定一个Python版本并且仍然使用script？在

或者

（ii）我可以使用shell但仍然访问脚本中的“snakemake”对象，该对象将允许我测试脚本是否正在snakemake管道中运行？在

Answer 1

您可以使用Conda—它既可以提供对执行上下文的细粒度控制，又可以提高管道的可重复性。见Documentation。在

首先，您需要一个环境定义YAML文件。例如

envs/py37.yml

channels:
  - defaults
dependencies:
  - python=3.7

在该文件中添加您需要的任何其他要求。那你的规则是

蛇形文件

^{pr2}$

最后，您现在需要在启动此作业时使用附加标志 use-conda，例如

外壳

snakemake  use-conda output_file