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Python phenotype
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关于phenotype 相关联的Python项目和问题：
最新问答
我需要读入大量的.txt文件，每个文件都包含一个十进制数（有些是正的，有些是负的），然后将它们附加到2个数组中（基因型和表型）。随后，我希望在scipy中对这些数组执行一些数学运算，但是负（'-'）符 ...
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在制作遗传算法时，我有一个Individu类：
class Individu:
genotype: List[int]
code: List[int]
phenotype: List[Li ...
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我使用xmltodict将XML文件中的数据提取到dataframe
import pandas as pd
import xmltodict as xd
parsed = xd.parse(data ...
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我有一个算法来填充一个类似树的结构（类：Scan_instance_tree），但不幸的是，在每次调用期间，它都会错误地添加到根节点的子节点，以及在树的下一层创建的新子节点。在
作为线索，我看到了另一 ...
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我正试图解析来自gene expression omnibus的XML文件。我发现了如何获取一些数据字段，但我不知道如何获取像<Title>这样的信息
我试着改编：How to conve ...
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考虑一个包含基因变异的bed文件：
CHR START STOP RSID REF/ALT PHENOTYPE PVALUE
1 987654321 987654322 rs123456 A/T H ...
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我正在开发一个进化模型，其中一个缩短的（因此在生物学上是无意义的）版本如下所示：
n = 300 # population size
no_gens = 600 # total number of g ...
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我是一名研究员（我的编程知识很小），负责分析一组抗生素（甲氧西林）耐药和一组抗生素（甲氧西林）敏感。假设这两组之间的唯一区别是电阻（R）与敏感度（S）。你知道吗
我想找出抗性或易感基因组中的一个遗传因 ...
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我试图使用subprocess.call()在python3中执行命令行程序。我可以让它正常工作，以下示例执行时没有问题：
subprocess.call(['add_phenotype.py', ' ...
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使用NumPy数组和向量化，我试图创建一个n不同个体的群体，每个个体有三个属性：alpha、beta和phenotype（将phenotype计算为涉及alpha和beta的微分方程的稳态）。所以，我 ...
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我试图通过使用具有随机效应的线性混合模型的最佳线性无偏估计量（BLUE）来计算我表型的调整平均值
数据示例：
genotype | phenotype | environment
---------- ...
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我想要一些关于使用python和scikits.学习. 我们的数据来自于Phenotype Microarray，它测量细胞在不同底物上随时间的代谢活动。输出是一系列的sigmoid曲线，我们通过对s ...
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最新项目
请参阅https://github.com/Guardiome/genotype_to_phenotype了解更多信息。 ...
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vcf_split.py拆分注释后的vcf文件，结果文件`samplename.SNP OR INDEL.annovar.filter.csv`和`samplename.SNP OR INDEL.a ...
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Django应用程序解析/加载表型本体（OnTree、HPO、Mondo等）
文档
完整的文档位于https://django-phenotype-ontologies.readthedo ...
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上位性
python api，用于估计基因型-表型图中的统计性高阶上位性。
所有模型都遵循Scikit learn接口，从而无缝地插入PyData生态系统有关此软件包中包含的型号类型的详细信 ...
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表型集相似性的测定
此包Python名称：phrank
目前版本： phrank 1.6
最后维护时间：Dec 13, 2018
...
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识别表型特异性k-mers，建立表型预测模型，并使用该模型预测测序菌株的表型
此包Python名称：PhenotypeSeeker
目前版本： Ph ...
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