Django应用程序解析/加载表型本体(OnTree、HPO、World等)

django-phenotype-ontologies的Python项目详细描述


https://badge.fury.io/py/django-phenotype-ontologies.svghttps://travis-ci.org/chopdgd/django-phenotype-ontologies.svg?branch=develophttps://codecov.io/gh/chopdgd/django-phenotype-ontologies/branch/develop/graph/badge.svgUpdatesPython 3

Django应用程序解析/加载表型本体(OnTree、HPO、Mondo等)

快速启动

安装django表型本体:

pip install django-phenotype-ontologies

将其添加到已安装的应用程序中

INSTALLED_APPS=(...'phenotype_ontologies',...)

添加django表型本体的url模式:

fromphenotype_ontologiesimporturlsasphenotype_ontologies_urlsurlpatterns=[...url(r'^',include(phenotype_ontologies_urls,namespace='phenotype_ontologies')),...]

功能

  • 同步来自mondo、hpo和ncit(oncotree)的obo
  • 与模型交互的rest api
  • 将用GelnEngJango
  • 合并到现有的图形化设置中的图形节点

运行测试

代码真的有用吗?

source <YOURVIRTUALENV>/bin/activate
(myenv) $ pip install tox
(myenv) $ tox

学分

用于呈现此包的工具:

历史记录

0.1.0(2018-04-10)

  • 表型本体论模型
  • rest api
  • graphql节点
  • mondo、hpo、ncit的purl同步方法

0.1.1(2018-04-10)

0.1.1 Changelog

  • 更新了sync to sync_ontology以使其更具描述性

0.1.2(2018-04-10)

0.1.2 Changelog

  • 为mondo增加了更好的支持。有几个奇怪的东西很快就造成了错误。

0.1.3(2018-04-18)

0.1.3 Changelog

  • 更新了第三方libs

0.1.4(2018-05-16)

0.1.4 Changelog

  • 已将setup.py更新为从requirements.txt中读取

0.2.0(2018-06-01)

0.2.0 Changelog

  • 删除了对graphql的支持

0.2.1(2018-07-27)

0.2.1 Changelog

  • 将ncit更新为onco tree-因为我们使用的是oncotree特定的本体论

0.2.2(2018-08-13)

0.2.2 Changelog

  • 更新的第三方要求。某些要求已更改,因此会导致故障

0.2.3(2018-10-29)

0.2.3 Changelog

  • 更新的第三方要求。

0.2.4(2018-11-27)

0.2.4 Changelog

  • 更新的第三方要求。

0.2.5(2019-02-08)

0.2.5 Changelog

  • 更新的第三方要求。
  • 更新测试以使用py.test fixtures

0.2.6(2019-04-10)

0.2.6 Changelog

  • 更新的第三方要求。
  • 更新travis使用xenial分布。django 2.1放弃了对sqlite<;3.8.3的支持

0.2.7(2019-05-31)

0.2.7 Changelog

  • 更新包以使用最新的CookieCutter模板

0.2.8(2019-07-26)

0.2.8 Changelog

  • 更新的第三方要求。

0.2.9(2019-08-09)

0.2.9 Changelog

  • 更新的第三方要求。

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