包含Python2和Python3的XCode项目嗨,我想为一个项目写两个python脚本。我的目标是在python3中完成一些分析的前端,并输出许多文本文件(已完成)。分析的后端将读取文本文件并与PyMOL接口,python2依赖于python2( ...2024-04-28 已阅读: n次
如何设置Pyrgm颜色我可以问一下Pymol是否允许用户根据用户定义的值设置atom颜色? 例如,我想根据所有原子的生化特性来给它们着色,羽毛被认为是RGB值,比如说[RGB]等于[feature1 feature2 fe ...2024-04-28 已阅读: n次
Ubuntu 18.04上的python版本和启动程序有问题几天前,我使用的一个程序(MGLTools的adt)出现了一些问题,在过去的几个月里我一直在使用,没有出现任何问题。我想重新安装它(最新版本),但在我看来,这把我在Ubuntu 18.04系统上的py ...2024-04-28 已阅读: n次
是否可以在Python类定义中使用导入的类方法,而不运行导入文件中的所有代码?我使用PyMOL分子查看器作为一个更大程序的子集,为了便于阅读,我像这样分解我的文件。。。你知道吗 ### command1ClassFile.py class command1Class(): ...2024-04-28 已阅读: n次
在Pym中如何表示残基之间的距离使用this PDB file和以下PyMOL代码: cd /Users/foo/Desktop/ reinitialize load pdp_4gg6CD1_I.pdb as cartoon se ...2024-04-28 已阅读: n次
TypeError:必须是没有空字节的字符串,而不是s我正试图运行这段代码,对我拥有的每一帧运行相同的命令(只做少量更改): traj.reset() import os #os.chdir(outname) for i, frame in enumer ...2024-04-28 已阅读: n次
Pymol:使用命令颜色特定链上的残留物命令我不能只给Pymol中的一个特定链的残基着色。抱歉,这似乎是一个清晰的初学者问题。你知道吗 到目前为止,我只能对所有链上具有特定值(例如141)的所有残留物着色。你知道吗 #I want to col ...2024-04-28 已阅读: n次
Bioblend的win 7中未找到PyMol我正在尝试在Win7上安装BioblenderV0.6。在手册中,我发现我需要安装python2.6、Numpy和Pymol。在网页上我发现我需要安装ProDy。你知道吗 我已经安装了python2. ...2024-04-28 已阅读: n次
如何向pymol添加库?我已经下载了pymol并在我的mac上使用。我从应用程序文件夹打开它。我可以在其中成功地运行python脚本。但是,我无法在该脚本中导入任何库。我目前知道的将可导入库添加到python环境的方法是通过 ...2024-04-28 已阅读: n次
在pyMOL中分层或使某些氨基酸“弹出”我一直在努力让某些(比如配体或辅因子)从分子中弹出,就像你在photoshop中选择图层一样。我如何选择某些物体或氨基酸在所有其他层之前。e、 我有一个分子的表面表示,里面有一个辅因子,但我只希望辅因 ...2024-04-28 已阅读: n次
如何使用python中的cmd模块从pdb文件打印信息?我想从几个pdb文件中提取信息,使用cmdpython模块集成pymol来提取信息。更具体地说,我想在pdb文件中找到所有的金属。在 使用cmd命令可以非常简单地执行您可以键入的任务命令选择(“m”, ...2024-04-28 已阅读: n次
bio-pyvolPyvol pyvol是一个python库,用于识别蛋白质结合袋,将其划分为子袋,并计算其体积。虽然pyvol可以用来识别新的绑定口袋,但有许多算法已经针对该任务进行了优化。PYVOL用于描述已知的装 ...2024-04-28 已阅读: n次
pymol-sketch用于绘制已编译图形对象(cgo)的PyMOL命令集合。 安装 $ pip install sketch-pymol 确认草图Pymol是否正确安装: import sketch_pymol 在~ ...2024-04-28 已阅读: n次
ipymol 异丙醇 ipymol允许您通过ipython控制PyMOL会话。这个工具非常适合您希望在Jupyter Notebook或方便的原型pymol脚本中整洁地呈现您的工作的情况。 在开始 请确保py ...2024-04-28 已阅读: n次