ipymol允许您通过ipython控制pymol会话。
ipymol的Python项目详细描述
异丙醇
ipymol允许您通过ipython控制PyMOL会话。这个工具非常适合您希望在Jupyter Notebook或方便的原型pymol脚本中整洁地呈现您的工作的情况。
在开始
请确保pymol在您的$PATH中作为pymol,或者您可以在服务器模式下启动pymol:
$ pymol -R #-cKRQ to run it without a GUI
安装
pip install ipymol
示例用法
您可以启动ipython或ipython笔记本会话并开始使用ipymol。例如:
fromipymolimportvieweraspymolpymol.start()# Start PyMOL RPC serverpymol.fetch('3odu')# Fetch PDBpymol.show_as('cartoon')# Show as cartoonpymol.bg_color('white')# Set background color to whitepymol.display()# Show current display
这一系列命令将定义类MolViewer的变量pymol,该变量可以将命令传递给pymol,然后在ipython会话中创建PDBID:3odu的图像。 其他命令可以通过pymol.do("[ENTER YOUR COMMAND HERE]")调用。
这是一张包含更多信息的example notebook。
享受吧!