如何使用python中的cmd模块从pdb文件打印信息?

2024-05-15 13:50:17 发布

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我想从几个pdb文件中提取信息,使用cmdpython模块集成pymol来提取信息。更具体地说,我想在pdb文件中找到所有的金属。在

使用cmd命令可以非常简单地执行您可以键入的任务命令选择(“m”,“金属”)。然而,这并不能打印出所发现金属的数量。在

我在网上查了一下,没想到怎么用。(http://www.pymolwiki.org/index.php/Iterate)。在

下面是我的非工作代码。在

import sys
sys.path.append("C:/Python27/Lib/")

import __main__
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-qc']

import pymol
from pymol import cmd

import glob
a = glob.glob("C:/Python27/Metal/*.pdb")

for file in a:
    f= open (file, 'r')
    cmd.iterate ("m","metals")
    print ?

pymol.finish_launching()
pymol.cmd.quit()

Tags: 模块文件import命令cmd信息mainsys