我想从几个pdb文件中提取信息,使用cmdpython模块集成pymol来提取信息。更具体地说,我想在pdb文件中找到所有的金属。在
使用cmd命令可以非常简单地执行您可以键入的任务命令选择(“m”,“金属”)。然而,这并不能打印出所发现金属的数量。在
我在网上查了一下,没想到怎么用。(http://www.pymolwiki.org/index.php/Iterate)。在
下面是我的非工作代码。在
import sys
sys.path.append("C:/Python27/Lib/")
import __main__
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-qc']
import pymol
from pymol import cmd
import glob
a = glob.glob("C:/Python27/Metal/*.pdb")
for file in a:
f= open (file, 'r')
cmd.iterate ("m","metals")
print ?
pymol.finish_launching()
pymol.cmd.quit()
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