用于转换验证的半自动sanger序列分析。
sanger-sequencing的Python项目详细描述
用于质粒验证的半自动sanger序列分析。
这个包裹是诺和诺德的内部黑客活动的结果 生物可持续性基金会中心 改进需要验证质粒的遗传学家的工作流程 桑格测序构建。
开始
在安装了python 3.6或更高版本的python环境中，您可以轻松地
$ pip install sanger-sequencing
或者根据您的环境使用pip3。
导入包时，有两个主要组件可供使用：a 可以实例化以设置某些全局配置的配置类 值和高级分析界面。
importsanger_sequencingconfig=sanger_sequencing.Configuration()print(config.threshold)print(config.output)
您可以阅读有关配置中这些属性的含义的更多信息 文档。进行任何分析的主要切入点是 sanger_verification函数。此函数需要三个参数：a 要分析什么的模板表，从质粒标识符到 它们的序列记录（通常来自genbank文件）和映射 从示例标识符到序列记录（.ab1files）。
您可以在：https://sanger-sequencing.readthedocs.io找到完整的文档。
版权所有
- 版权所有（c）2018诺和诺德生物可持续性基金会中心，丹麦理工大学授权 在apache许可下，版本2.0
学分
此包是使用cookiecutter和 DD-DeCaF/cookiecutter-decaf-python项目模板。
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