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Python variants
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关于variants 相关联的Python项目和问题：
最新问答
我有多个VCF文件，我需要实现的是根据定义的过滤器从VCF文件中提取一些行。。为了达到这个目的，我开始使用
import vcf
import vcf.utils
这看起来很直截了当。但是我遇到了一 ...
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我正在尝试做一个用户可以做的命令！变量args[1]args[2]args[3]，如果用户执行以下操作，则命令的示例为：
!variants CID_030_Athena_Commando_M_Hal ...
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在过去的几周里，我一直在尝试使用Scikit Allel库将基因组数据集加载到Neo4j中。我已经设法在VCF文件中加载外显子的所有变体以及所有具有相关表型数据的受试者，现在我正试图创建变体和受试者之 ...
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假设我有一个包含以下列的数据框
df.head()
ref_loc ref_chr REF ALT coverage base
9532728 21 G [A] 1 A ...
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我有两个数据帧：
首先，df1：
data = {'Type':['a', 'b', 'c', 'd', 'e'],
'Rank':[1, 2, 3, 4, 5]}
df1 = pd. ...
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好吧，所以我想做些类似的事情：
if title and articleNumber in listOfData:
listOfData[articleNumber].update(title ...
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我试图将这个“简单”的SQL语句映射到SQL炼金术中
select DISTINCT cv.*, ct."name"
from "CarVariants" cv,
"Cars" ...
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因此，我成功地在这个网站上获取了json解析的信息，但我想从“variants”数组中提取特定数据的“all”，例如“inventory\u quantity”。当我运行代码时，它只显示“invent ...
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我有以下输入值：
variants = {
"debug" : ["on", "off"],
"locale" : ["de_DE", "en_US", "fr_FR"],
...
}
...
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我有下面的字典。。。在
URLDict = {'OTX2':'http://lsdb.hgu.mrc.ac.uk/variants.php?select_db=OTX2&action=view ...
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我有一个由字符串、列表和两个int组成的复合对象字典。在
我在这个字典中循环，执行一些测试，然后基于这些测试将当前测试的对象保存到一个新的字典中，然后修改一些属性。到目前为止，它已经在新字典中引用了对 ...
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我有一些数据正在从XML解析为pandas数据框。XML数据大致如下：
<tracks>
<track name="trackname1" variants="1,2,3,4,5 ...
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最新项目
变量代码
varcode是一个在python中处理基因组变异数据并预测这些变异对蛋白质序列的影响的库。
安装
您可以使用pip：
pip install va ...
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分析条码变异的深突变扫描。
dms_variants是由the Bloom lab编写的python包。
源代码是on GitHub。
有关如何安装和使用dms_variants的详细信息，请参 ...
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[orange3]（http://orange.biolab.si）的variants附加模块添加了处理vfc文件和snv数据的功能。
安装
要安装附加组件，请运行
pip install .
用 ...
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SMOTE变体
简介
该软件包实现了85种合成少数族裔过采样技术（SMOT）。
除了实现之外，还提供了一个易于使用的模型选择框架来支持
对不可见数据集过采样技术的快速评估。
The imple ...
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sphinx的一个扩展，允许自动记录variants函数。
概述
默认的sphinx.ext.autodoc模块不能正确处理由variants模块创建的变量的函数组。这个扩展注册了一个自动文档管理 ...
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在销售订单中添加变体
此模块添加了一个向导，用于选择显示所有这些变体并允许更改每个变体数量的模板产品。
将此变量添加到已选定数量的销售订单中
学分
贡献者
雨果·桑托斯，hugo.sant ...
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作者和贡献者
这个模块是在Openlabs构建的。
专业支持
此模块由Openlabs专业支持。
如果您需要现场教学或咨询支持，请联系我们的
sales和support团队。
...
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各种各样的
此包Python名称：sort
目前版本： sort 0.1.0
最后维护时间：Apr 19, 2017
...
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检测
ASCII, UTF-8, UTF-16 (2 variants), UTF-32 (4 variants)
Big5, GB2312, EUC-TW, HZ-GB-2312, ISO-20 ...
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基于频率的滤波器变量
此包Python名称：filter_variants
目前版本： filter_variants 0.3
最后 ...
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这里提供了对ore（离群rv富集）的粗略使用，有关更多详细信息，请访问latest ORE documentation。确认已安装以下各项：
Python >=3.5.0
bedtools ...
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IGV报告
python应用程序生成自包含的igv.js页面，这些页面可以在具有“文件”协议的浏览器中打开。
安装
先决条件
igv报表需要python 3.6或更高版本和pip。与所有python项 ...
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GA4GH模式
这是编译为协议缓冲区描述符的ga4gh模式。可以使用
使用标准交换格式描述和序列化基因组学数据。
import ga4gh.schemas.ga4gh.variants_pb2 a ...
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根据MIP在变量调用格式（VCF）文件中向变量添加排名分数。 ...
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Nereid目录变体
此包Python名称：fio_nereid_catalog_variants
目前版本： fio_nereid_catalog ...
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