如何在python中找到差异矩阵(植物群落)?我有一个植物群落矩阵作为numpy数组,其中行是物种,列是群落 species 1,2,3 [[ 0 13 2 0 11 0 12 5 0 0] sp ...2024-05-13 已阅读: n次
humann2human2是一个管道,用于从亚基因组数据中高效、准确地确定群落中微生物途径的覆盖范围和丰度。对一个亚基因组进行测序通常会产生数百万个短的dna/rna读取。这一过程被称为功能分析,旨在描述微生物群落 ...2024-05-13 已阅读: n次
emperoremperson:一个可视化高通量微生物群落数据的工具 皇帝:一个可视化高通量微生物群落数据的工具。 巴斯克斯·贝扎伊,皮尔龙·M,冈萨雷斯·A,奈特·R。 超级科学。2013年11月26日;2(1) ...2024-05-13 已阅读: n次
HgtSIMhgtsim:微生物群落水平基因转移(hgt)的模拟器 宋伟志(songwz03@gmail.com) 海洋生物创新中心(CMB) 澳大利亚悉尼新南威尔士大学 发布历史: 1.1.0(2019-01- ...2024-05-13 已阅读: n次
micom micom是一个用于微生物代谢建模的python包 在 Human Systems Biology Group的 奥斯巴多教授在National Institute of Genomic Medi ...2024-05-13 已阅读: n次
optimModelsoptimmodels=optimization models framework正在开发的python框架将允许对单个和微生物群落培养物进行菌株设计。本文档简要介绍了框架和开发过程中采用的主要选项。 ...2024-05-13 已阅读: n次
micca micca(微生物群落分析)是 扩增子测序数据的处理,从原始序列到 otu表,分类和系统发生树 推断。该管道可应用于高度保守的 基因/间隔子,如16srrna基因,internal转录 间隔棒(it ...2024-05-13 已阅读: n次
smetana 斯梅塔纳 物种代谢相互作用分析(smetana)是基于python的 用于分析微生物群落的命令行工具。 它以微生物群落作为输入(来自 sbml格式的基因组规模代谢模型)和几个 描述交互作用潜力的指 ...2024-05-13 已阅读: n次
biobakery-workflowsbiobakery工作流是一个工作流和任务的集合,用于使用标准化的、经过验证的工具和参数执行常见的微生物群落分析。质量控制和统计摘要报告是为大多数数据类型自动生成的,包括16s扩增子、亚基因组和亚转录 ...2024-05-13 已阅读: n次
MiscotoMiscoto是一个python3工具,用于探索微生物群并选择其中的最小群落。它使用应答集编程(asp)来优化社区选择。输入:代谢模型,种子(生长培养基)和代谢目标。计算可以用一组symbion或一组 ...2024-05-13 已阅读: n次
ecotrajector 模拟简单生态群落的软件包。 此包Python名称:ecotrajector 目前版本: ecotrajectory 0.1.0 最后 ...2024-05-13 已阅读: n次
omega-index-py3 欧米茄指数评价重叠群落结构 此包Python名称:omega-index-py3 目前版本: omega-index-py3 0.3 ...2024-05-13 已阅读: n次