基于拓扑学的微生物群筛选与群落选择

Miscoto的Python项目详细描述


Miscoto是一个python3工具,用于探索微生物群并选择其中的最小群落。它使用应答集编程(asp)来优化社区选择。输入:代谢模型,种子(生长培养基)和代谢目标。计算可以用一组symbion或一组symbion和一个主机来执行。在后一种情况下,靶点将由宿主产生,而在前一种情况下,靶点将由微生物组的任何成员产生。有关github使用和故障排除的详细信息:https://github.com/cfrioux/miscoto

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