在参数中使用变量运行Python脚本

Question

我有一个python命令，运行如下：

python script.py -file 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.NUMBER --out GTEx_Cortex.chrNUMBER

我想用数字1:20替换NUMBER变量。因此，如果我用1替换NUMBER，它看起来是这样的：

python script.py -file 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.1 --out GTEx_Cortex.chr1

在第二次迭代中（如果我用2代替它）：

python script.py -file 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.2 --out GTEx_Cortex.chr2

但我不想一直手动更改NUMBER20次。我想把整个事情自动化。你知道吗

如何在命令提示符中执行此操作？这应该在VIM中完成还是在python中有其他方法？你知道吗

谢谢！你知道吗

Answer 1

for i in `seq 1 20`;do python script.py -file 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.${i}  annot GTEx_Cortex_chr1.annot.gz  out GTEx_Cortex.chr${i};done

Answer 2

如果您经常这样做，还可以编写bash脚本。你知道吗

创建一个循环执行命令的文件run_stuff。它可以类似于：

#!/bin/bash
n=$1
i=1
while (( i <= n )); do
    python prog${i}.py
    (( i = i + 1 ))
done

上面的脚本运行prog1.py，然后运行prog2.py，依此类推。对于您的代码，只需将第5行替换为所需的类似行。你知道吗

然后在终端中，您将执行以下操作：

chmod u+x run_stuff
./run_stuff 20

chmod命令只是更改文件的权限，以便您可以执行它。你知道吗