使用python将newick转换为graphml

Question

我想把一棵树从newick转换成graphml格式，我可以用cytoscape打开它。在

所以，我有一份文件“小纽克“包含：

((raccoon:1,bear:6):0.8,((sea_lion:11.9, seal:12):7,((monkey:100,cat:47):20, weasel:18):2):3,dog:25);

到目前为止，我是这样做的（python3.6.5 |Python）：

^{pr2}$

Clade有一个问题，我可以使用以下代码修复：

^{3}$

给我一些看起来不错的东西：

我的问题是：

• 这是个好办法吗？在我看来，这个函数不处理内部节点名

• 如果用足够长的字符串替换一个节点名，则命令Phylo.to\u网络（树）。如何避免呢？

示例：用“测试字符串”替换“狗”，该字符串会产生一些问题

Answer 1

经过一番研究，我实际上找到了一个可行的解决方案。 我决定在这里为您提供链接，亲爱的读者： going to github