使用python将newick转换为graphml

Question

我想把一棵树从newick转换成graphml格式，我可以用cytoscape打开它。在

所以，我有一份文件“小纽克“包含：

((raccoon:1,bear:6):0.8,((sea_lion:11.9, seal:12):7,((monkey:100,cat:47):20, weasel:18):2):3,dog:25);

到目前为止，我是这样做的（python3.6.5 |Python）：

^{pr2}$

Clade有一个问题，我可以使用以下代码修复：

^{3}$

给我一些看起来不错的东西：

我的问题是：

• 这是个好办法吗？在我看来，这个函数不处理内部节点名

• 如果用足够长的字符串替换一个节点名，则命令Phylo.to\u网络（树）。如何避免呢？

示例：用“测试字符串”替换“狗”，该字符串会产生一些问题

Answer 1

经过一番研究，我实际上找到了一个可行的解决方案。 我决定在这里为您提供链接，亲爱的读者： going to github

Answer 2

看来你已经在这方面做得很好了。我只能对你的方法提出一些替代/扩展。。。在

1. 不幸的是，我找不到一个可以读取这种格式的Cytoscape应用程序。我试着找PHYLIP，NEWICK和PHYLO。你可能会更幸运：

   • http://apps.cytoscape.org/

2. 有一个旧的Cytoscape 2.x插件可以读取这种格式，但要运行它，您需要安装Cytoscape 2.8.3，导入网络，然后导出为xGMML（或另存为CYS），然后尝试在Cytoscape 3.7中打开，以便迁移回生活的代码。再说一次，如果2.8.3满足了您在这种特定情况下所需的功能，那么您可能不需要迁移：

   • http://apps.cytoscape.org/apps/phylotree

3. 最好的方法是程序化的，您已经探讨过了。找到一个R或Python包将NEWICK转换为iGraph或GraphML是一个可靠的策略。请注意，这些语言中也有更新和流畅的Cytoscape库，因此您可以在脚本环境中执行所有标签清理、布局、数据可视化、分析、导出等操作：

   • https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RCy3.html
   • https://py2cytoscape.readthedocs.io/en/latest/