Scipy错误：numpy.dtype大小已更改，可能表示二进制不兼容（以及相关的奇怪行为）

Question

我正在OSX10.9.4上安装numpy/scipy/scikit learn，并得到关于“numpy.dtype size changed，may indicate binary uncompatibility”的错误信息。

以下是我为构建回购协议所做的工作：

mkvirtualenv thm
workon thm
pip install numpy scipy pandas ipython # and some other stuff
cd /path/to/our/repo
# run tests

以下是相关警告的回溯片段（由于在测试开始时使用warnings.simplefilter('error')而变成错误）：

======================================================================
ERROR: Failure: RuntimeWarning (numpy.dtype size changed, may indicate binary in
compatibility)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/loader.py",
 line 414, in loadTestsFromName
    addr.filename, addr.module)
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py
", line 47, in importFromPath
    return self.importFromDir(dir_path, fqname)
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py
", line 94, in importFromDir
    mod = load_module(part_fqname, fh, filename, desc)
  File "/Users/ben/code/thm/alpha/prosper/base/stats/test_auc.py", line 3, in <m
odule>
    import sklearn.metrics
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/
__init__.py", line 6, in <module>
    from .metrics import (accuracy_score,
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/metrics.py", line 27, in <module>
    from scipy.spatial.distance import hamming as sp_hamming
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/scipy/spatial/__init__.py", line 90, in <module>
    from .ckdtree import *
  File "__init__.pxd", line 155, in init scipy.spatial.ckdtree (scipy/spatial/ckdtree.c:20570)
RuntimeWarning: numpy.dtype size changed, may indicate binary incompatibility

我被告知这个警告是由scipy被编译到与安装的版本不同的numpy版本引起的。不过，我把它们都安装在pip上，我认为这是一种非常标准的方式，所以我想这不应该是个问题。

奇怪的是，尽管将整个测试套件作为一个整体运行（通过python -m unittest discover）会产生这些错误，但是运行单独的测试（通过python -m unittest <module>）可以很好地工作。

根据测试，以下是一些相关的版本信息：

numpy version 1.9.0 (rev 07601a64cdfeb1c0247bde1294ad6380413cab66)
scipy version 0.14.0 (built against numpy 1.9.0)
sklearn version 0.15.2
pandas version 0.14.1

很高兴根据要求提供更多信息！

Answer 1

你是如何建立sklearn 0.14.1的？你是不是用和scipy相同版本的numpy做的？

scikit learn、scipy和numpy的最新版本都有预先构建的包。尤其是scikit learn 0.15.2应该与numpy 1.7+二进制兼容。我认为scipy 0.14.0也是这样，但是你说你是从源代码开始构建的，这不是pip默认应该做的（它应该只是安装预构建的whl包）。

编辑：您是否尝试过：

pip install -U scipy scikit-learn pandas

以确保您正在使用最新的稳定版本的whl为这些包？

编辑：下面的注释有实际的有效答案，这可能是接受此答案的原因。即：

pip uninstall -y scipy scikit-learn
pip install --no-binary scipy scikit-learn