我想用它来转换一组标识符,但是我需要确切地知道每个分类代码被分配了哪个分类等级。下面显示的是一个转换的例子,它很有意义,但是我不知道给一些分类法调用加上什么标签。{基本的属、门、门、属是基本的、属的、属的。在
在大多数情况下,这是很容易的,但在有亚种和菌株的情况下,这可能会令人困惑。在
如何让ete3指定沿袭id在分类等级中对应的等级?
import ete3
import pandas as pd
ncbi = ete3.NCBITaxa()
taxon_id = 505
lineage = ncbi.get_lineage(taxon_id)
Se_lineage = pd.Series(ncbi.get_taxid_translator(lineage), name=taxon_id)
Se_lineage[lineage]
1 root
131567 cellular organisms
2 Bacteria
1224 Proteobacteria
28216 Betaproteobacteria
206351 Neisseriales
481 Neisseriaceae
32257 Kingella
505 Kingella oralis
Name: 505, dtype: object
使用
ncbi.get_rank()
获得{id:name}
的字典,然后进行一些基本的转换以得到{name:taxonomy}
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