ete3:如何从分类id中获取分类等级名称?

2024-05-15 00:58:29 发布

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我想用它来转换一组标识符,但是我需要确切地知道每个分类代码被分配了哪个分类等级。下面显示的是一个转换的例子,它很有意义,但是我不知道给一些分类法调用加上什么标签。{基本的属、门、门、属是基本的、属的、属的。在

在大多数情况下,这是很容易的,但在有亚种和菌株的情况下,这可能会令人困惑。在

如何让ete3指定沿袭id在分类等级中对应的等级?

import ete3
import pandas as pd

ncbi = ete3.NCBITaxa()
taxon_id = 505
lineage = ncbi.get_lineage(taxon_id)
Se_lineage = pd.Series(ncbi.get_taxid_translator(lineage), name=taxon_id)
Se_lineage[lineage]


1                       root
131567    cellular organisms
2                   Bacteria
1224          Proteobacteria
28216     Betaproteobacteria
206351          Neisseriales
481            Neisseriaceae
32257               Kingella
505          Kingella oralis
Name: 505, dtype: object

Tags: 代码importidget分类情况ncbi标识符

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