我有一个简单的bash脚本,用于向队列提交多个python脚本——它们需要按顺序完成。这过去用于qsub,但现在我正在使用slurm在集群中运行作业,python脚本将同时运行,而不是按顺序运行
我尝试了以下方法:
#!/bin/bash
#
#SBATCH -J scrna-seq-pipeline3
#SBATCH -o scrna-seq-pipeline3.out
#SBATCH -e scrna-seq-pipeline3.err
module load python
python trimming.py -o options
python mapping.py -o options
python quality-filtering.py -o options
python feature-counting.py -o options
每个python脚本都有多个单独设置的参数,因此我喜欢以这种方式提交它们
是否有一个简单的解决方案可以使用sbatch以顺序运行的方式提交它们,即mapping.py仅在trimming.py完成后才开始
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