使用biopython生成weblogo时出现关键错误

2024-04-26 06:10:21 发布

您现在位置:Python中文网/ 问答频道 /正文

我已经排列好蛋白质序列,想用biopython生成一个weblogo。由于序列中的间隙,代码导致KeyError='-'。有什么帮助吗?你知道吗

instances = [Seq("GNKGIRELDVTNAGVIVSSYK-PGLVTEMN", IUPAC.protein),
             Seq("GNKGIRELDVTNAGVIVSSYK-PGLVTEMN", IUPAC.protein),
             Seq("GNRGIRRLEVTNAGI-ISSYKHPGWVTDMG", IUPAC.protein),
            ]

m = motifs.create(instances, IUPAC.protein)
m.weblogo("mymotif.png")

Tags: instances代码序列蛋白质seqbiopythonkeyerror间隙