如何根据位置列表过滤biopython中的比对列？

Question

根据biopython的帮助页面这里，我可以根据前10列或后10列来过滤对齐的列，甚至可以使用

align[:, :10] + align[:, -10:]

align是一个MSA对象，它是通过

from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read("Clustalw/opuntia.aln", "clustal")

生成的。但是，我想知道是否可以根据一个位置列表来提取列。比如说，如果我有以下列表：

a=[12, 52, 68,45]

有没有办法从对齐的align中仅提取这些列呢？

有一个叫bio3d的R包可以通过提供列表作为输入来过滤对齐（方法是：filtered_align = align[, a]），但如果我能在python中使用这个功能就太好了。

谢谢

Answer 1

根据Biopython的文档，你可以通过这种方式获取第x列：

align[:, x]

所以，下面的代码应该可以满足你的需求：

from Bio import AlignIO

align = AlignIO.read("Clustalw/opuntia.aln", "clustal")
indices = [12, 52, 68, 45]
columns_as_strings = []

for column in indices:
    columns_as_strings.append(align[:, column])