scipy/sklearn中的ImportError：`/usr/lib/liblapack.so.3gf: 未定义符号：ATL_chemv`

Question

我的代码在Ubuntu 12.04上运行得很好，但现在出现了错误：

  from sklearn.metrics import accuracy_score   File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/sklearn/metrics/__init__.py", line 6, in 
    from .metrics import (accuracy_score,   File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/sklearn/metrics/metrics.py", line 25, in 
    from scipy.spatial.distance import hamming as sp_hamming   File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/scipy/spatial/__init__.py", line 91, in 
    from .qhull import *  ImportError: /usr/lib/liblapack.so.3gf: undefined symbol: ATL_chemv

我不明白这个错误是什么意思，我该怎么办。

Answer 1

我只需要安装 liblapack3 就解决了这个问题：

apt-get install liblapack3

Answer 2

这是我对发生情况的猜测：

1. 你在使用Ubuntu 12.04时安装的scikit-learn版本是基于一个较旧的LAPACK版本构建的，这个版本由liblapack.so.3gf提供。

2. 当你（大概）把Ubuntu从12.04升级到现在使用的版本时，LAPACK也升级到了一个新版本。在Ubuntu 13.04及以上的版本中，python-numpy包所依赖的LAPACK是由liblapack3、liblapack.so.3或libatlas3-base提供的，而不是liblapack.so.3gf。

3. 现在scikit-learn在运行时尝试链接到新版本，但由于旧版本和新版本的LAPACK不兼容，所以链接失败了。

我建议你先尝试用pip卸载然后重新安装scikit-learn。希望这样能让scikit-learn重新构建为使用新的LAPACK库，这样之后一切就应该正常了。

如果这样不行，我建议你卸载当前安装的任何LAPACK库。这可能会迫使你也卸载numpy和scipy。然后你可以安装liblapack3，以及libopenblas-base和libopenblas-dev（这两个提供了比标准BLAS库更快的替代方案），接着再重新安装numpy、scipy和scikit-learn。

Answer 3

可以试试这个

sudo update-alternatives --set liblapack.so.3gf /usr/lib/lapack/liblapack.so.3gf