Python中热图的层次聚类

Question

我有一个大小为NxM的矩阵，里面的值从0到20不等。我用Matplotlib和pcolor很容易就能生成热图。现在我想用scipy来进行层次聚类和生成树状图。我想重新排列每个维度（行和列），这样就能显示哪些元素是相似的（根据聚类的结果）。如果这个矩阵是方形的（NxN），那么代码大概会是这样的：

clustering = linkage(matrix, method="average")
dendrogram(clustering, orientation='right')

那么当矩阵的维度不同时，我该如何获得链接矩阵呢？我需要手动计算每一对元素之间的距离吗？

Answer 1

我不太确定怎么用 matplotlib 和 pcolor 来实现你想要的效果。不过，seaborn 这个库本身就支持你想做的事情。

你可以在这里查看相关信息

示例：

import seaborn as sns; sns.set()
flights = sns.load_dataset("flights")
flights = flights.pivot("month", "year", "passengers")
g = sns.clustermap(flights)