RPy2 导入 R 源函数时出错

Question

如标题所示，我有一个Python脚本，它使用Rpy2并导入一个R文件。

R文件的内容（命名为r_code.R）：

test_function <- function(A)
{
    A <- as.vector(A)
    return(list(SUM=sum(A)))
}

Python文件的内容（命名为rpy2_test.py）：

import numpy as np
import rpy2.robjects as robjects
import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

robjects.r('''source('r_code.R')''')

r_test_function = robjects.globalenv['test_function']

def py_test_function(a):
    mc = r_test_function(a)
    return mc[0]

a = np.array([1,2,3,4,5])
mc = py_test_function(a)
print mc[0]

这两个文件在同一个文件夹里。我输入“python rpy2_test.py”，结果出现了这个错误：

错误信息：在readLines(file, warn = FALSE)中出错： 传递了5个参数给.Internal(readLines)，但它需要6个参数 追踪信息（最近的调用在最前面）： 文件 "rpy2_test.py"，第7行，出错 robjects.r('''source('r_code.R')''') 文件 "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/__init__.py"，第246行，在call中

res = self.eval(p) 文件 "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/functions.py"，第166行，在call中

return super(SignatureTranslatedFunction, self).call(*args, **kwargs) 文件 "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/functions.py"，第99行，在call中

res = super(Function, self).call(*new_args, **new_kwargs) rpy2.rinterface.RRuntimeError: 在readLines(file, warn = FALSE)中出错：

传递了5个参数给.Internal(readLines)，但它需要6个参数

有趣的是，这个脚本之前运行得很好，我没有改动任何东西（至少我觉得没有）在我的系统上。

Python版本：2.7.3

Numpy版本：1.8.0

Rpy2版本：2.4.4

R版本：3.0.2

Ubuntu版本：12.04.2

有什么想法吗？谢谢！

Answer 1

好吧，经过几个小时的折腾。

我之前自己编译过R，这次虽然编译和安装都没问题，但在构建一些库的时候却出错了（这些错误会在rpy2中出现）。所以我尽量卸载、清理、删除了所有的R文件。还用apt-get --purge remove命令来确保删除了旧的安装版本。

我确认我的apt-get sources.list文件里有一个有效的cran镜像，然后执行了apt-get update。

接着用apt-get install r-base把所有需要的东西都装回来了。

然后又执行了pip install rpy2 --upgrade（尽管我试着卸载它，但它还是像鞋子上的狗屎一样死死粘着我，这让我无法进行全新安装）。

回到正题。我真搞不懂为什么我的rpy2桥接突然不工作了。

这个问题似乎没有太多人关注，所以我决定接受自己的回答并关闭它。也许将来能帮到某个人。

@cdeterman：也许是R的版本问题……谁知道呢！（不过，还是要给你点赞，最好的建议）

更新：我有种感觉，可能是ubuntu的更新干扰了我的源安装。我很想知道有没有其他人遇到过类似的冲突。