稍加修改的samtools、htslib和bcftools版本。
xsamtools的Python项目详细描述
xsamtools公司
xsamtools从htslib生成samtools工具 和bcftools可通过pypi包装获得。这些工具很轻 修改为允许在没有索引的VCF流上进行合并。在
安装
pip install xsamtools
安装需要C工具链。通常，Ubuntu/Debian系统应该安装以下软件包：
libbz2-devliblzma-devlibcurl4-openssl-dev
libcurl4-openssl-dev可能会被忽略，但代价是htslib中的一些云支持特性。在
使用
成功安装后，以下可执行文件可用：
samtools公司：
- HTS文件
- bgzip地址
- 塔比克斯
- BCF工具
xsamtools:
- 合并_vcfs.py在
xsamtools还提供Python工具来创建指向Google存储对象的命名（FIFO）管道：
^{pr2}$这些流在文件系统上显示为可读或可写文件。这样的物体是找不到的。在
还提供了一种实用方法来合并来自GS对象的VCF：
from xsamtools import vcf
vcf.combine("src-bucket-name", ["first-src-vcf-key", "second-src-vcf-key"], "dst-bucket-name", "dst-vcf-key")
VCF密钥的数量没有正式限制。应注意提供的VCF对象由 染色体或合并将失败。在
码头工人
安装了xsamtools的Docker映像发布在 https://hub.docker.com/repository/docker/xbrianh/xsamtools
- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
