用于导航和分析基因表达数据集的工具包
XPRESStools的Python项目详细描述
导航和分析基因表达数据集的工具包
查找文档here
开发说明：
XpressTools仍在测试版生产中
交互式散点图功能目前尚未测试
xpresstools支持python 2.7和>；=3.5
引文：
Berg, JA (2019). XPRESSyourself suite: Gene expression processing and analysis made easy. https://github.com/XPRESSyourself. DOI: 10.5281/zenodo.2581692.
安装：
pip install xpresstools
其他要求：
- 在64位Linux上测试，与Mac OS X兼容
- 建议使用Python3
- 当前测试用例生成到：
- Python2.7
- Python3.5
- Python3.6
- Python3.7
- 当前测试用例生成到：
- 如果PyPi和Conda尚未安装，则应安装它们
- 如果使用此包执行批处理效果规范化或差异表达式分析，则必须安装R
- 如果使用提供的交互式笔记本，则jupyter需要installed如果还没有
快速启动：
下载存储库并修改interactive Jupyter notebook以快速入门！
在浏览代码块时阅读说明，了解如何使用示例代码
通过选择代码块并按shift+enter来运行代码块
有关详细说明，请参见documentation。
重要提示：
- 如果在交互式笔记本（如Jupyter笔记本、Atom Hydrogen等）中使用XpressTools，则导入XpressTools后必须包含以下代码行
import XPRESStools as xp
%matplotlib inline
- 假设所有数据帧都是columns=samples和rows=genes（除了某些情况外，请参见documentation以获取帮助）
>>> geo.head()
name GSM523242 GSM523243 GSM523244 GSM523245 GSM523246 GSM523247 ...
1007_s_at 8.98104 8.59941 8.25395 8.72981 8.70794 8.10693 ...
1053_at 5.84313 6.59168 8.27881 6.64005 4.65107 7.19090 ...
121_at 6.17189 5.73603 5.55673 5.69374 6.77618 5.84524 ...
1294_at 6.97009 6.80003 5.56620 7.43816 7.36375 5.85687 ...
1405_i_at 10.24611 10.13807 8.84743 9.72365 10.42940 9.17510 ...
[5 rows x 145 columns]
欢迎加入QQ群-->： 979659372
