从fcs文件版本3+中提取流式细胞术数据。
xfcs的Python项目详细描述
从fcs（3.0，3.1）文件中提取元数据和数据。
- 数据提取支持文件格式：
- 模式：列表（L）
- 数据类型：I、F、D
- 实现的参数数据集选项：
- 生的
- 通道值
- 刻度值（log10，增益）
- 通道和刻度合并为一个数据集
- 荧光补偿
- log10标度荧光补偿
- 元数据提取功能：
- 支持不兼容文件
- 合并或分离CSV文件
- 任何带数值的关键字的滚动平均值
- 将新的fcs文件附加到先前生成的元数据csv文件中
- 使用xfcsdashboard附加模块的交互式仪表板绘图。
安装
使用pip:
pip install xfcs
没有pip:
python setup.py install
命令行用法
见 USAGE 以获取详细信息。
要查看可用命令和参数的列表，请运行“xfcs data–help”或“xfcs metadata–help”
extract data: xfcs data [options] extract metadata: xfcs metadata [options]
要求
- python 3.5或更高版本
- 努比
- 熊猫
许可证
xfcs是根据bsd 2条款许可证发布的。见 LICENSE 详细情况。
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