将Galaxy工作流转换为独立脚本。
workflow2executable的Python项目详细描述
工作流2可执行
将Galaxy工作流转换为独立脚本。在
- 免费软件:麻省理工学院许可证
- 文档:https://workflow2executable.readthedocs.io。在
将Galaxy工作流转换为独立脚本。
目前仅适用于常规数据集输入。可能最终会更好地融入行星。在
其基本思想是一个具有完整定义的输入部分的工作流 自我描述:
workflow2executable 28d1e2d715476c2c https://usegalaxy.org --script_path workflow.py
应该创建一个python脚本,在给定的Galaxy服务器上运行工作流。 其用途可以用
^{pr2}$Usage: workflow.py [OPTIONS] Run Select last n lines workflow Options: --input_dataset PATH --number_of_lines_to_keep INTEGER -a, --api_key TEXT API key to use for running workflow -g, --galaxy_url TEXT Galaxy URL to use for running workflow [default: https://usegalaxy.org] -h, --history_id TEXT History ID that will contain workflow results -n, --new_history_name TEXT Create a new history with this name. Will not be used ifhistory ID is provided. --publish / --private Publish history? --monitor_invocation / --no_monitor_invocation Print workflow invocation status updates? --workflow_id_override TEXT Override workflow to run with this workflow id or uuid --quiet TEXT Decrease logging output --help Show this message and exit.
学分
此包是用Cookiecutter和audreyr/cookiecutter-pypackage项目模板创建的。在
历史
- PyPI的第一个版本。在
- 项目
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