在示例cnv调用中
wisestork的Python项目详细描述
Wisecondor程序。
其最初的目的是检测三体和较小的CNV
使用低覆盖WGS的母体血浆样本。
WiseStork增加了对小型垃圾箱的实用支持， 而且对于常规的wgs和外显子组测序也很有用。
为了全面了解与原来的WiseCondor的区别， 参见章节差异。
安装
PYPI
从pypi安装wisestork，方法很简单：
pip install wisestork
手动（开发版本）
需要以下系统依赖项
- 巨蟒3.5+
此外，还需要以下python包：
- 努比
- matplotlib
- 生物圈
- 统计模型
- sklearn
- 皮萨姆
- Pyfaidx
- 单击
建议您使用virtualenv。
要安装WiseStork，创建一个virtualenv，安装python
使用pip install-r requirements.txt的需求，然后运行
python setup.py开发
输入
WiseStork将BAM文件作为输入。必须为这些BAM文件编制索引。
另外，您必须提供一个引用fasta文件，它应该
同样，使用samtools faidx<；fasta>；索引
运行
典型的工作流从BAM文件开始。那些bam文件必须是 排序和索引。
WiseStork分析的第一步是计数步骤。这个
生成每个bin的读取计数，并将其写入bed文件。这个
命令，如下所示：
wisestork count-i<；input.bam>；-r<；fasta.fa>；-o<；out.bed>；-b<；binszise>；
-b标志可以省略：wisestork默认为50kb的binsize。
但是，您可能需要不同的箱子大小。
一旦你有了盘点床文件，我们必须纠正GC偏差。这个 命令如下：
wisestork gc correct-i<；input.bed>；-r<；fasta.fa>；-o<；out.gc.bed>；-b<；binsize>；
下一步，我们需要对结果进行bgzipped和tabixed，这样您就可以
必须执行bgzip<；out.gc.bed>&；tabix-pbed<；out.gc.bed.gz>；
最后一步，zscore步骤计算每个箱子的z分数。
它要求您事先生成一个参考字典。
再次创建z-scores的命令看起来与
前两个：
wisestork zscore-i<；input.bed.gz>；-r<；fasta.fa>；-o<；out.z.bed>；-d<；dictionary.bed.gz>；-b<；binsize>；
用户提供的箱子
除了为每个步骤提供binsize，还可以提供 bin文件。这个文件应该是一个（最好是分类的）带有区域的床文件 存在于输入BAM文件中的。此选项主要用于 wes分析，bin文件将在哪里更正响应目标/诱饵区域 文件。请注意，contigs必须与 输入BAM文件。
您可以为任何子命令使用-l标志来提供bin文件。
这将取代-b标志的任何用法。
创建引用词典
以上假设您已经创建了一个引用字典。 如果不是这样，则必须生成此文件。
要创建引用字典，需要更正一组gc
常规样本的bed文件（来自wisestork gc correct），并输入
要wisestork newref。rewref命令将找到最近的
每个垃圾箱的邻居。稍后，在zscore命令中，
信息用于从查询中获取一组"引用容器"
样品：
要使用的命令：
wisestork newref-i<；input.gz.bed>；-i<；input2.gz.bed>；[…]-o<；out.ref.bed>；-r<；fasta.fa>；-b<；binsize>；
这个的输出必须用bedtools排序，然后bgzipped 和tabixed。
用法
Usage: wisestork [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...
Discover CNVs from BAM files.
A typical workflow first extracts regions from a BAM file
The resulting BED tracks must then be GC-corrected.
Using a reference track of region similarity,
One can then calculate Z-scores for every region.
The following sub-commands are supported:
- count: count coverage per bin
- gc-correct: GC-correct bins
- zscore: calculate Z-scores
- newref: Generate a new reference dictionary of bin similarities
Options:
--version Show the version and exit.
--help Show this message and exit.
Commands:
count Count coverages
gc-correct GC correct
newref Create new reference
zscore Calculate Z-scores
您可以通过键入 这种重新实现之间有几个重要的区别
和原来的怀斯康多尔。 你可能会想，为什么要给这个工具起名叫怀斯托克？
嗯，秃鹰是一种鸟。因为这是
聪明的秃鹰，我想另一只鸟会是个好名字。我住在海牙，
海牙有一只鹳作为城市的象征，我把一只和一只放在一起。
因此，怀斯托克诞生了。 GPLV3 欢迎加入QQ群-->： 979659372
wisestork<；command>；--help来获得其他帮助
差异
statsmodelslowess函数，而不是biopython函数。
这将显著加快GC校正速度。命名
许可证
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