wes-service 3.3

工作流即服务

这为 通用工作流语言。

它提供一个Arvados 后端。它也适用于任何支持cwl的cwl-runner。 标准命令行界面： http://www.commonwl.org/v1.0/CommandLineTool.html#Executing_CWL_documents_as_scripts

安装：

pip install wes-service

使用默认的cwl-runner后端运行独立服务器：

$ wes-server

提交要运行的工作流：

$ wes-client --host=localhost:8080 myworkflow.cwl myjob.json

列出工作流：

$ wes-client --list

获取工作流状态：

$ wes-client --get <workflow-id>

从工作流获取stderr日志：

$ wes-client --log <workflow-id>

服务器选项

$ wes-server --backend=wes_service.arvados_wes

$ wes-server --backend=wes_service.cwl_runner --opt runner=cwltoil

$ wes-server --backend=wes_service.cwl_runner --opt extra=--workDir=/

客户端环境选项

设置服务终结点：

$ export WES_API_HOST=localhost:8080

设置要传入Authorization头的值：

$ export WES_API_AUTH=my_api_token

设置协议（http、https之一）

$ export WES_API_PROTO=http