使用transmart copy将数据加载到transmart的python库
transmart-loader的Python项目详细描述
此包包含表示存储在TranSMART平台中的核心域对象的类， 一个用于转化生物医学研究的开源数据共享和分析平台。
它还提供了一个实用程序，可以将这些对象写入可以加载到 使用transmart-copy工具的transmart数据库。
注：这是一个开发版本。 可在https://github.com/thehyve/python_transmart_loader/issues报告问题
安装和使用
要安装Transmart_加载程序，请执行以下操作：
pip install transmart-loader或来源：
git clone https://github.com/thehyve/python_transmart_loader.git
cd python_transmart_loader
pip install .使用量
在这些项目中可以找到使用示例：
- fhir2transmart：将核心{a9}资源转换为transmart数据模型的工具。
- ontology2transmart：一个转换DIMDI中可用本体的工具 转化本体论。
文件
该包的完整文档可在Read the Docs获得。
开发
有关软件开发的快速参考，请参阅the software guide checklist。
python版本
这个存储库是用Python version 3.6设置的
根据项目需求添加或删除python版本。The guide包含有关python版本以及编写python 2和3兼容代码的更多信息。
包管理和依赖项
这个项目使用pip来安装依赖项和包管理。
- 依赖项应添加到安装要求列表中的setup.py中
测试和代码覆盖率
- 测试位于tests文件夹中
- tests文件夹包含：
- 测试是否为伪数据生成了transmart copy的文件（文件：test_transmart_loader）
- 检查代码是否符合python样式指南（pep 8）的测试（文件：test_lint.py）
- 使用的测试框架是PyTest
- 测试可以使用python setup.py test
文件
- 文档应该放在docs文件夹中。
- 要生成HTML文档，请运行python setup.py build_sphinx
编码风格惯例和编码质量
- 使用prospector 检查代码样式
- 您可能需要首先运行pip install .[dev]，以安装所需的依赖项
学分
这个包是用Cookiecutter和NLeSC/python-template创建的。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
