层析工作流程库

tomwer的Python项目详细描述


此项目包含为esrf使用而制作的小部件,以便使用orange3画布和core(http://orange.biolab.si)定义工作流。

文档

最新版本的文档可在http://www.edna-site.org/pub/doc/tomwer/latest

安装

步骤0-创建虚拟环境

建议创建一个python虚拟环境来运行工作流工具。 虚拟环境可以避免python包之间的冲突。但您也可以将其安装到“当前”python环境中,并转到步骤1。

virtualenv --python=python3 --system-site-packages myvirtualenv

然后激活虚拟环境

source myvirtualenv/bin/activate

首先更新pip和setuptools以避免一些潜在的错误

pip install --upgrade pip
pip install setuptools --upgrade

注意

退出虚拟环境

deactivate

步骤1-Orange3安装

为了运行tomwer项目,您需要一个原始orange项目的分叉。 这是必需的,因为为了得到我们想要的行为(有循环工作流),已经做了一些小的修改。

在这里可以使用叉子:https://github.com/payno/orange3.git

所以请安装这个叉子:

git clone https://github.com/payno/orange3.git
cd orange3
pip install -r requirements.txt
pip install -r requirements-gui.txt
pip install .

注意

如果您有一个旧的pyqt版本,您可能需要查看https://pythonhosted.org/silx/virtualenv.html?highlight=virtualenv以避免重建sip…您可能需要创建一个符号链接:

如果要使用安装在/usr/lib/python2.7/dist-packages/中的pyqt4:

ln -s /usr/lib/python2.7/dist-packages/PyQt4 silx_venv/lib/python2.7/site-packages/
ln -s /usr/lib/python2.7/dist-packages/sip.so silx_venv/lib/python2.7/site-packages/

步骤2-t功率

克隆tomwer项目

git clone git@gitlab.esrf.fr:payno/tomwer.git

然后安装它

cd tomwer
pip install -r requirements.txt
pip install -e .

注意

-e option会将插件注册到orange中,但不应该将其复制到python的site packages目录中。这是因为橙色附加组件的安装过程。这也意味着对源代码的任何修改都将在执行期间应用。

确保安装顺利,橙色运行正常。

python run_tests.py

单元测试应该在没有任何错误的情况下执行。

步骤3-网络日志

工作流工具可以将一些日志发送到graylog中,以便查看工作流执行的状态。 如果这是活动的(默认情况下),那么您将能够从web界面看到重要的日志。

要获取更多信息,请参见https://www.graylog.org/

启动橙色

您只需执行以下命令:

orange-canvas

注意

如果您安装了虚拟环境,请不要忘记激活它:

source myvirtualenv/bin/activate

文档

cd doc
make html

文档是在doc/build/html中构建的,入口点是index.html

firefox build/html/index.html

注意

文档的构建需要安装sphinx。这不是一种严格的依赖。所以你可能需要安装它。

您还应该生成可从橙色gui访问的文档(按f1键)。

cd doc
make htmlhelp

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