tibanna在aws云上运行可移植管道(在cwl/wdl中)。
tibanna的Python项目详细描述
蒂班娜
tibanna在aws云上运行便携式管道(在cwl/wdl/snakemake/shell中)。
安装tibanna。
pip install tibanna
使用cli设置云组件并运行工作流。
# Deploy Unicorn to the Cloud (Unicorn = serverless scheduler/resource allocator). tibanna deploy_unicorn --usergroup=mygroup # Run CWL/WDL workflow on the Cloud. tibanna run_workflow --input-json=myrun.json
或者,使用python api。
fromtibanna.coreimportAPI# Deploy Unicorn to the Cloud.API().deploy_unicorn(usergroup='mygroup')# Run CWL/WDL workflow on the Cloud.API().run_workflow(input_json='myrun.json')
注意:启动0.8.2
,tibanna支持本地cwl/wdl文件以及shell命令和snakemake工作流。
注意2:python2.7支持现在被弃用(0.7.0
或之后)!请切换到python3.6!
注3:从0.8.0
开始,人们不再需要git clone
tibanna回购协议。
- 请从
invoke <command>
切换到tibanna <command>
! - 我们还将python api更新为一个可继承类,以允许围绕tibanna进行开发。
注4:4dn-dcic(4d核子数据协调与集成中心)使用tibanna_4dn(tibanna的扩展)来处理数据。
nore5:有关更多详细信息,请参见tibannaDocumentation。
- 也可以看看我们的paper in Bioinformatics。
- 预印本也可以在biorxiv上找到。