tibanna在aws云上运行可移植管道(在cwl/wdl中)。

tibanna的Python项目详细描述


蒂班娜

Python 3.6Build StatusCode QualityTest CoverageDocumentation Status


tibanna在aws云上运行便携式管道(在cwl/wdl/snakemake/shell中)。


安装tibanna。

pip install tibanna

使用cli设置云组件并运行工作流。

# Deploy Unicorn to the Cloud (Unicorn = serverless scheduler/resource allocator).
tibanna deploy_unicorn --usergroup=mygroup

# Run CWL/WDL workflow on the Cloud.
tibanna run_workflow --input-json=myrun.json

或者,使用python api。

fromtibanna.coreimportAPI# Deploy Unicorn to the Cloud.API().deploy_unicorn(usergroup='mygroup')# Run CWL/WDL workflow on the Cloud.API().run_workflow(input_json='myrun.json')


注意:启动0.8.2,tibanna支持本地cwl/wdl文件以及shell命令和snakemake工作流。

注意2:python2.7支持现在被弃用(0.7.0或之后)!请切换到python3.6!

注3:从0.8.0开始,人们不再需要git clonetibanna回购协议。

  • 请从invoke <command>切换到tibanna <command>
  • 我们还将python api更新为一个可继承类,以允许围绕tibanna进行开发。

注4:4dn-dcic(4d核子数据协调与集成中心)使用tibanna_4dn(tibanna的扩展)来处理数据。

nore5:有关更多详细信息,请参见tibannaDocumentation

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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