估计转座元素和其他高度重复区域差异富集的工具
TEToolkit的Python项目详细描述
tetoolkit
版本：2.0.3
注意 teanscripts和tecount依赖于经过特殊处理的gtf文件，而不是 由于其大小，与此软件一起打包。请到 我们的网站 有关下载管理的GTF文件的说明。
teanscripts和tecount接受rna序列（和类似的数据）并对两者进行注释读取 基因和转座因子。然后，tetranscripts使用 DESEQ2. < /P>
由Ying Jin、Eric Paniagua、Oliver Tam&Molly Hammell创作，2014年2月
版权所有（c）2014-2018 Ying Jin，Eric Paniagua，Oliver Tam&Molly Hammell
联系人：Yjin（Yjin @ CSHL EDU）
要求
python:2.6.x或2.7.x（未在python 3.x中测试）
Pysam:0.9.x或更大
R:2.15.x或更大
deseq2:1.10.x或更大
安装
下载压缩的tarball。
打开皮球。
导航到解压缩目录。
运行以下命令：
$ python setup.py install
如果要在本地安装（例如/local/home/usr）， 请改为运行此命令：
$ python setup.py install --prefix /local/home/usr
注意 在上面的示例中，必须添加
< Buff行情> /本地/本地/usr/bin到path变量，然后
< Buff行情> /local/home/usr/lib/python2.x/站点包到pythonpath变量，其中python2.x引用 python版本（例如，如果使用python2.7.x版本，则为python2.7）。
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