一种用于量化环状分子构象的软件包。
tessellate的Python项目详细描述
===
细分
===
图像：：https://img.shields.io/pypi/v/tessellate.svg
：目标：https://pypi.python.org/pypi/tessellate
…图片：：https://readthedocs.org/projects/tessellate/badge/？version=latest
：目标：https://tessellate.readthedocs.io/en/latest/？徽章=最新
：alt：文档状态
…图片：：https://zenodo.org/badge/doi/10.5281/zenodo.1068656.svg
：目标：https://doi.org/10.5281/zenodo.1068656
>一个用于量化环状分子构象的软件包。
*免费软件：apache软件许可证2.0
*文档：https://tessellate.readthedocs.io.
代码：：bash
make install；镶嵌数据/example builtin--input format=builtin--output format=json
make install；镶嵌数据/*dna--input format=pdblist--output format=json
installing
--
-使用python3。例如，anaconda python https://www.anaconda.com/download/https://repo.continuum.io/archive/anaconda3-5.0.1-linux-x86_64.sh
-使用虚拟环境或conda环境。
-使用pip安装或编译源代码
。代码：：bash
代码：：bash
tessellate data/usecase timeseries--input format=builtin--output format=json--output dir=output usecase timeseries
此数据来自vmd
的data/timeseries中存储的真空核糖模拟以使用run.sh脚本重新创建数据。这调用vmd并运行pucker bigdcd.tcl。
usecase 2-rna和dna
代码：：bash
tessellate data/usecase-*dna--input format=pdblist--output format=json--output dir=output usecase rnadna
usecase 3-α-环糊精代码：：bash
tessellate data/usecase-*cd--input format=pdblist--output format=json--output dir=output usecase cyclodextrin
run all usecase
--
代码：：bash
tessellate data/usecase timeseries--input format=builtin--output format=json--output dir=output usecase timeseries
tessellate data/usecase-*dna--input format=pdblist--output format=json--output dir=output usecase rnadna
tessellate data/usecase-*cd--输入格式=pdblist--输出格式=json--输出目录=输出用例环糊精
数据
----
尝试蒙太奇为这些数据集创建报告。
例如：
…代码：：bash
usecase_data=输出usecase环糊精
multiqc$usecase_data-m comp_tessellate-f-f以覆盖现有报表
google chrome multiqc_report.html
代码：：bash
multiqc输出*-m comp_tessellate-f-f覆盖现有报表
google chrome multiqc_report.html
development
--
bump version的bump版本号
x=currentversion
`bumpversion--当前版本xminor`
从x.y.z到x.y.a使用修补程序作为部件：
` bump version--当前版本x修补程序`
要包括的功能：
----
*改进测试和文档。移植现有测试。
*表
*包含更多rad功能
上载到pypi
----
使用tween
代码：：bash
conda install-c conda forge tween
make install
make dist
tween upload dist/*
issues
------
在https://github.com/scientificomputing/tessellate/issues上报告问题
已知问题-仅支持相对路径
阅读文档
----
文档在此。RTD有权访问Github回购协议。RTD服务挂钩在推送时生成文档。
pandas数据帧
----
…代码：：bash
tessellate data/usecase timeseries--input format=builtin--output format=pandas--output dir=output usecase timeseries
……代码：：python
python
import pandas as pd
df=pd.read_json（'output-usecase-timeseries/tessellate_report_usecase-timeseries.pandas.json'）
df.head（）
df.groupby（'conformer'）.count（）
df.groupby（['ringsize'，'conformer']）.count（）
作为一个库python
import tessellate as t
import tessellate.utils.pucker as p
import collections
ordered'ringatoms=['c3'，'c4'，'c5'，'o5'，'c1'，'c2]
frame={'c1'：（-5.799，--5.308，4.847），'c2'：（-5.383，--5.328，3.328，3.394），'c3'：（-3.904，--3.904.904，--4.906，4.906，3.906，3.181 3.181，'c4''c4'：-3.3.3.576，-3.54，3.944），'C5'：（-4.115，-3.556，5.339），'O5'：（-5.551，-3.941，5.38）}
定义返回折叠器（Atomids，帧：
导入tessellate as t
导入tessellate.utils.pucker as p
导入itertools
a=[frame[i]for i in atomids]
pobj=p.pucker（tuple（itertools.chain.from iterable（a）））
返回pobj.calculate_triangal_tessellation（），pobj.推导出规范构象（）[0]，pobj.推导出规范构象（）[-1]，pobj.推导出规范构象（next guess=true）[0]
result=collections.orderedict（）
result["pucker"]、result["pucker_conformer"]、result["pucker_distance_to_canonical"]、result["pucker_next_guess"]=返回折叠（有序环原子，框架）
import pprint
pprint.pprint（result）
credits
——
这个包包含了现有包的工作（所有包最初都是由chris b.barnett开发的）。
*https://bitbucket.org/scientificationcomputing/triangle-tessellation-classhttp://git.cem.uct.ac.za/analysis pucker/triangle tessellation class
*https://bitbucket.org/scientificomputing/ring-analytics-webserver https://bitbucket.org/rxncor/rad-dev http://git.cem.uct.ac.za/analysis pucker/ring analytics dash
*https://bitbucket.org/scientificomputing/triangal-tessellation-in-vmd http://git.cem.uct.ac.za/analysis pucker/triangal decomposition timeseries in vmd
此包是使用Cookiecutter和"audreyr/Cookiecutter pypackage"项目模板创建的。
_ Cookiecutter:https://github.com/audreyr/Cookiecutter
。_` audreyr/cookiecutter pypackage`:https://github.com/audreyr/cookiecutter pypackage
===
=
=>历史
==
0.3.7（2018-03-29）
----
*熊猫！
*默认情况下，json和csv格式的pandas数据帧输出为
*将pandas设为默认值
*如何使用自述文件中的库示例
*biopython和pytest在特定版本下具有不同的签名。在setup.py中修复了这个问题，删除了硬编码的python解释器，在某些情况下，机器指向python2.7，python3指向3。在*.py文件中删除。在makefile中删除。要在make文件中使用另一个python，请修改pythonexe变量
*tested with--user标志。--用户标志似乎对我起作用-例如pip3安装--用户镶嵌
>0.3.6（2017-12-18）
----
*zenodo doi
*empty list bug resolved
*feature order json output
0.3.5（2017-11-30）
----
*包括vmd的tcl脚本和示例数据
0.3.4（2017-11-29）
----
*文档更新。Ring Finder更新
0.3.1 0.3.2 0.3.3（2017-11-24）
----
*用例，文档更新。更新PYPI
0.3.0（2017-11-23）
细分
===
图像：：https://img.shields.io/pypi/v/tessellate.svg
：目标：https://pypi.python.org/pypi/tessellate
…图片：：https://readthedocs.org/projects/tessellate/badge/？version=latest
：目标：https://tessellate.readthedocs.io/en/latest/？徽章=最新
：alt：文档状态
…图片：：https://zenodo.org/badge/doi/10.5281/zenodo.1068656.svg
：目标：https://doi.org/10.5281/zenodo.1068656
>一个用于量化环状分子构象的软件包。
*免费软件：apache软件许可证2.0
*文档：https://tessellate.readthedocs.io.
代码：：bash
make install；镶嵌数据/example builtin--input format=builtin--output format=json
make install；镶嵌数据/*dna--input format=pdblist--output format=json
installing
--
-使用python3。例如，anaconda python https://www.anaconda.com/download/https://repo.continuum.io/archive/anaconda3-5.0.1-linux-x86_64.sh
-使用虚拟环境或conda环境。
-使用pip安装或编译源代码
。代码：：bash
代码：：bash
tessellate data/usecase timeseries--input format=builtin--output format=json--output dir=output usecase timeseries
此数据来自vmd
的data/timeseries中存储的真空核糖模拟以使用run.sh脚本重新创建数据。这调用vmd并运行pucker bigdcd.tcl。
usecase 2-rna和dna
代码：：bash
tessellate data/usecase-*dna--input format=pdblist--output format=json--output dir=output usecase rnadna
usecase 3-α-环糊精代码：：bash
tessellate data/usecase-*cd--input format=pdblist--output format=json--output dir=output usecase cyclodextrin
run all usecase
--
代码：：bash
tessellate data/usecase timeseries--input format=builtin--output format=json--output dir=output usecase timeseries
tessellate data/usecase-*dna--input format=pdblist--output format=json--output dir=output usecase rnadna
tessellate data/usecase-*cd--输入格式=pdblist--输出格式=json--输出目录=输出用例环糊精
数据
----
尝试蒙太奇为这些数据集创建报告。
例如：
…代码：：bash
usecase_data=输出usecase环糊精
multiqc$usecase_data-m comp_tessellate-f-f以覆盖现有报表
google chrome multiqc_report.html
代码：：bash
multiqc输出*-m comp_tessellate-f-f覆盖现有报表
google chrome multiqc_report.html
development
--
bump version的bump版本号
x=currentversion
`bumpversion--当前版本xminor`
从x.y.z到x.y.a使用修补程序作为部件：
` bump version--当前版本x修补程序`
要包括的功能：
----
*改进测试和文档。移植现有测试。
*表
*包含更多rad功能
上载到pypi
----
使用tween
代码：：bash
conda install-c conda forge tween
make install
make dist
tween upload dist/*
issues
------
在https://github.com/scientificomputing/tessellate/issues上报告问题
已知问题-仅支持相对路径
阅读文档
----
文档在此。RTD有权访问Github回购协议。RTD服务挂钩在推送时生成文档。
pandas数据帧
----
…代码：：bash
tessellate data/usecase timeseries--input format=builtin--output format=pandas--output dir=output usecase timeseries
……代码：：python
python
import pandas as pd
df=pd.read_json（'output-usecase-timeseries/tessellate_report_usecase-timeseries.pandas.json'）
df.head（）
df.groupby（'conformer'）.count（）
df.groupby（['ringsize'，'conformer']）.count（）
作为一个库python
import tessellate as t
import tessellate.utils.pucker as p
import collections
ordered'ringatoms=['c3'，'c4'，'c5'，'o5'，'c1'，'c2]
frame={'c1'：（-5.799，--5.308，4.847），'c2'：（-5.383，--5.328，3.328，3.394），'c3'：（-3.904，--3.904.904，--4.906，4.906，3.906，3.181 3.181，'c4''c4'：-3.3.3.576，-3.54，3.944），'C5'：（-4.115，-3.556，5.339），'O5'：（-5.551，-3.941，5.38）}
定义返回折叠器（Atomids，帧：
导入tessellate as t
导入tessellate.utils.pucker as p
导入itertools
a=[frame[i]for i in atomids]
pobj=p.pucker（tuple（itertools.chain.from iterable（a）））
返回pobj.calculate_triangal_tessellation（），pobj.推导出规范构象（）[0]，pobj.推导出规范构象（）[-1]，pobj.推导出规范构象（next guess=true）[0]
result=collections.orderedict（）
result["pucker"]、result["pucker_conformer"]、result["pucker_distance_to_canonical"]、result["pucker_next_guess"]=返回折叠（有序环原子，框架）
import pprint
pprint.pprint（result）
credits
——
这个包包含了现有包的工作（所有包最初都是由chris b.barnett开发的）。
*https://bitbucket.org/scientificationcomputing/triangle-tessellation-classhttp://git.cem.uct.ac.za/analysis pucker/triangle tessellation class
*https://bitbucket.org/scientificomputing/ring-analytics-webserver https://bitbucket.org/rxncor/rad-dev http://git.cem.uct.ac.za/analysis pucker/ring analytics dash
*https://bitbucket.org/scientificomputing/triangal-tessellation-in-vmd http://git.cem.uct.ac.za/analysis pucker/triangal decomposition timeseries in vmd
此包是使用Cookiecutter和"audreyr/Cookiecutter pypackage"项目模板创建的。
_ Cookiecutter:https://github.com/audreyr/Cookiecutter
。_` audreyr/cookiecutter pypackage`:https://github.com/audreyr/cookiecutter pypackage
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=>历史
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0.3.7（2018-03-29）
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*熊猫！
*默认情况下，json和csv格式的pandas数据帧输出为
*将pandas设为默认值
*如何使用自述文件中的库示例
*biopython和pytest在特定版本下具有不同的签名。在setup.py中修复了这个问题，删除了硬编码的python解释器，在某些情况下，机器指向python2.7，python3指向3。在*.py文件中删除。在makefile中删除。要在make文件中使用另一个python，请修改pythonexe变量
*tested with--user标志。--用户标志似乎对我起作用-例如pip3安装--用户镶嵌
>0.3.6（2017-12-18）
----
*zenodo doi
*empty list bug resolved
*feature order json output
0.3.5（2017-11-30）
----
*包括vmd的tcl脚本和示例数据
0.3.4（2017-11-29）
----
*文档更新。Ring Finder更新
0.3.1 0.3.2 0.3.3（2017-11-24）
----
*用例，文档更新。更新PYPI
0.3.0（2017-11-23）
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