网络x春季布局与不同的边值我是Networkx的新手,我想知道如何使用spring布局,但是在节点之间应用不同的边值(即节点之间的不同距离),而不是相同的边值。 本质上,我想要一个图,它试图保持一组预定义的节点距离(可能使用s ...2024-04-20 已阅读: n次
计算二维金属薄板物理弯曲能的数值方法是否有一种方法可以数值计算二维金属板的弯曲能量。二维金属板位于规则间隔的网格上,因此在python中,由尺寸矩阵nx2给出,其中n是网格中的行数和列数。我想计算这个二维金属板在不同构象下的弯曲能。二维 ...2024-04-20 已阅读: n次
如何将RDKit conformer对象保存到sdf文件中?我生成了一系列分子的构象。对于每个一致性,我希望将坐标保存在SDF文件中。我尝试了以下方法,但sdf文件中的坐标与conformer文件中的坐标不同 from rdkit import Chem fr ...2024-04-20 已阅读: n次
如何使用3x3矩阵创建遮罩过滤器我想将一个3x3矩阵掩码传递给一个较大矩阵的每个元素 3x3基质应具有以下构象: Mask = [(,,), (,,), (,,)] 如果在较大的矩阵中发现任何负值, ...2024-04-20 已阅读: n次
生成小配体的构象,但保持正确的芳香性我正在尝试生成一些小分子配体的构象,最终与它们对接。我使用RDkit的EmbedMultipleConfs函数生成构象。然而,当随后目视检查PyMol中的构象时,我注意到RDKit没有保留芳香部分的正 ...2024-04-20 已阅读: n次
msm-design 基于机器学习和蛋白质特定构象状态的蛮力优化的markov状态建模蛋白质设计包 此包Python名称:msm-design 目前版本: msm-des ...2024-04-20 已阅读: n次
backmap 内容 1 Introduction 2 Installation 2.1 PIP Installation 2.2 GIT Installation 2.3 Manual ...2024-04-20 已阅读: n次
frag-pele 碎片贝利: 一种新的基于片段的hit-to-lead药物设计生长工具 安装 https://carlesperez94.github.io/frag_pele/installation.htm ...2024-04-20 已阅读: n次
gmx-clusterByFeatures GMX_ClusterByFeatures 它可用于分子动力学中分子构象的簇合 使用特征集合的轨迹。功能可以是任何数量的 时间函数,如PCA或二面体PCA的特征向量投影, 距离、角度、通道半径等 ...2024-04-20 已阅读: n次
RotamerConvolveMD 摘要 该软件包分析分子动力学轨迹或 根据自旋标记距离的构象集合,如 双电子共振(DEER)实验与自旋标记 顺磁弛豫中酰胺-蛋白质距离的探讨 增强(预)实验。旋转标签安装在 使用 ...2024-04-20 已阅读: n次
biceps二头肌-构象总体的贝叶斯推断 二头肌算法(构象总体的贝叶斯推断) 是一种统计上严谨的贝叶斯推理方法 稀疏构象态布居的理论预测 和/或噪声实验测量并客观比较 模型。支持的实验观测包括: NMR nu ...2024-04-20 已阅读: n次
avtrajavtraj avtraj是从md轨迹计算fret观测值的工具。读、写和分析可访问卷(AVS) 使用md轨迹作为输入,只需几行python代码。通过使用Labellib Avtraj提供 获取fret ...2024-04-20 已阅读: n次
tessellate===细分===图像::https://img.shields.io/pypi/v/tessellate.svg:目标:https://pypi.python.org/pypi/tessellate… ...2024-04-20 已阅读: n次
wellfareWellfare软件包是一组量子化学程序,它们与电子结构软件包相互作用,以帮助分析和计算。该分布包括一个比较三维结构的工具、自由能分解分析、构象生成的mincepies工具和wellfare-ff力场 ...2024-04-20 已阅读: n次
FrAG 碎片贝利: 一种新的基于片段的hit-to-lead药物设计生长工具 安装 https://carlesperez94.github.io/frag_pele/installation.htm ...2024-04-20 已阅读: n次