Bravado生成的模拟GA4GH TES客户端
tes-client的Python项目详细描述
tes cli
此存储库包含基于Bravado的客户端,用于modified版本的 Global Alliance for Genomics and Health的Task Execution Serviceapi模式,如mock-TES存储库中所述。客户是为 在TEStribute任务分布逻辑应用程序中的使用。
用法
在之后的python代码中使用客户端导入 installation:
importtes_clientclient=tes_client.Client("http://localhost:9001/ga4gh/tes/v1/")
Note that the indicated URL is valid when mock-TES was installed at the default location on your local machine. When a different TES instance is supposed to be used, replace the full URL (including
http://
orhttps://
).
使用例如:
访问mock-TESPOST /tasks/task-info
端点
response=client.getTaskInfo(cpu_cores=4,ram_gb=8,disk_gb=100,execution_time_min=10,)
使用例如:
访问mock-TESPOST /update-config
端点
response=client.updateTaskInfoConfig(currency="USD",time_unit="MINUTES",unit_costs={"cpu_usage":1,"memory_consumption":4,"data_storage":10,"data_transfer":20,},)
请注意,原始的tes端点目前尚未实现。
安装
您可以通过以下两种方式之一安装TES-cli
:
手动安装
git clone https://github.com/elixir-europe/TES-cli.git
cd TES-cli
python setup.py install
通过包管理器安装
pip install -e git+https://github.com/elixir-europe/TES-cli.git#egg=tes_client
贡献
这个项目是一个社区的努力,靠你的贡献为生 错误报告、功能请求、讨论、修复和其他代码的形式 变化。如果你想投稿,请阅读contributing guidelines。 请注意code of conduct与社区的所有交互。
版本控制
应用程序的开发目前仍处于alpha阶段,并且正在进行版本控制 仅供内部使用。在将来,我们的目标是采用与TEStribute的版本控制同步的semantic versioning,并且 mock-TES以确保这些应用程序与 他们的主要版本和次要版本相匹配。
许可证
这个项目由Apache License 2.0也可用的shipped with this repository所覆盖。
联系人
请联系project leader获取 不包括在 Contributing部分。
致谢
该项目是在ELIXIR Cloud and AAI小组的保护下进行的一项合作。它是在2019 Google Summer of Code期间作为一部分启动的 在Global Alliance for Genomics and Healthorganization中。