解析snpeff生成的vcf并生成html报告。
tbvcfreport的Python项目详细描述
tbvcfreport
一种从带有snpeff注释的vcf文件生成基于html的交互式报告的工具，该文件带有到“战斗结核病资源管理器”的链接。
用法
先决条件：
python-pip- SnpEff带注释的m.tuberculosisvcf文件。
- 一个Combat-TB-NeoDB实例，
tbvcfreport默认为neodb.sanbi.ac.za。- 如果您想要本地安装，请参阅combat-tb-neodb；如果您想要使用本地实例，请参阅
export DATABASE_URI=localhost。
- 如果您想要本地安装，请参阅combat-tb-neodb；如果您想要使用本地实例，请参阅
安装
使用pip
$ pip install -i https://test.pypi.org/simple/ tbvcfreport ...
源代码
$ git clone https://github.com/COMBAT-TB/tbvcfreport.git ... $ cd tbvcfreport $ virtualenv envname $ source envname/bin/activate $ pip install -r requirements.txt $ pip install -e .
运行tbvcfreport
$ tbvcfreport --help Usage: tbvcfreport [OPTIONS] COMMAND [ARGS]... Generate an HTML-based VCF report from SnpEff annotated VCF file(s). Options: --help Show this message and exit. Commands: generate Generate an interactive HTML-based VCF report.
$ tbvcfreport generate --help Usage: tbvcfreport generate [OPTIONS] VCF_DIR Generate an interactive HTML-based VCF report. Options: -t, --tbprofiler-report FILENAME TBProfiler json report. -f, --filter-udi / -nf, --no-filter-udi Filter upstream, downstream and intergenic variants. [default: True] --help Show this message and exit.
$ tbvcfreport generate VCF_DIR/ Processing...
这将在当前工作目录（pwd）中生成一个{vcf-file-name}.html文件。
在星系中
：构造：
我们还添加了tbvcfreport到GalaxyTest Tool Shed。
请参阅^{
欢迎加入QQ群-->： 979659372
