tatapov 0.1.2

塔塔波夫

Tatapov是一个python库，它使人们可以方便地访问和探索DNA 下一篇文章中的过度错误退火数据 （available on arxiv）：

应用连接优化金门装配 序列相关的保真度和偏差分析，Potapov Vladimir， 詹妮弗L.昂，丽贝卡B.库塞拉，布拉德利W.兰霍斯特， 凯瑟琳·比洛蒂，约翰·M·普赖尔，埃里克·J·坎托，巴里·坎顿， 托马斯F奈特，托马斯C埃文斯小，格雷戈里罗曼。2018年5月， https://doi.org/10.1101/322297

本文的补充资料提供了悬挑表 4种条件下的退火数据（25℃或37℃下01小时或18小时振荡）。 TATAPOV提供这些表（它将自动从ARXIV下载它们） 在第一次使用时）作为pandas数据帧，因此它们易于操作。

它还提供了构建和绘制数据子集的简单方法（绘制 需要安装matplotlib）。

用法示例

绘图

importtatapov# Get a subset of the data at 25C (1h incubation)data=tatapov.annealing_data["25C"]["01h"]# a pandas dataframeoverhangs=["ACGA","AAAT","AGAG"]subset=tatapov.data_subset(data,overhangs,add_reverse=True)# Plot the data subsetax,_=tatapov.plot_data(subset,figwidth=5)ax.figure.tight_layout()ax.figure.savefig("example.png")

在上面的图中，如果您看到除了 对角线，这意味着在你的悬挑之间有交叉对话（所以有可能退火错误）。 如果这些对中的一对看起来比其他对轻，这意味着 相应的悬挑具有弱的自退火（没有装配的风险）。

识别弱自退火悬挑

importtatapovannealing_data=tatapov.annealing_data['37C']['01h']# Compute a dictionary {overhang: self-annealing score in 0-1}relative_self_annealing=tatapov.relative_self_annealings(annealing_data)weak_self_annealing_overhangs=[overhangforoverhang,self_annealinginrelative_self_annealing.items()ifself_annealing<0.4]

识别具有重要交叉交谈的悬垂对

importtatapovannealing_data=tatapov.annealing_data['37C']['01h']# Compute a dictionary {overhang_pair: cross-talking score in 0-1}cross_annealings=tatapov.cross_annealings(annealing_data)high_cross_annealing_pairs=[overhang_pairforoverhang_pair,cross_annealingincross_annealings.items()ifcross_annealing>0.08]

安装

您可以通过pip安装tatapov

sudo pip install tatapov

或者，您可以解压缩文件夹中的源并键入

sudo python setup.py install

许可证=麻省理工学院

tatapov是一个开源软件，最初是在爱丁堡基因组上编写的。 由Zulko和 released on Github 在麻省理工学院的许可下（爱丁堡基因组铸造厂）。欢迎大家 贡献！

如果有任何关于版权的问题，请联系我们（不应该有 因为存储库不包含任何数据，而纸质数据可以 下载）。

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