支持上传文件提交到临床基因组分析平台（CGAP）。
submit-cgap的Python项目详细描述
说明
这是一个将某些类型的文件上载到CGAP的工具。在
最初支持的是“元数据包”，即Excel文件 （例如.xls或.xlsx文件） 与其他文件（例如.fastq.gz文件）一起提供。在
关于元数据捆绑包
注意
用作的Excel文件的格式 “元数据捆绑包”还没有文档化。 现在，您应该从获取模板文件开始 你在CGAP团队的联系人，然后根据需要定制。在
安装
安装此系统包括以下步骤：
- 创建、安装和激活虚拟环境。在
- 装诗
- 只有当您是开发人员时，才选择源存储库。 其他人没有可供选择的源存储库， 所以应该跳过这一步。在
- 如果您是最终用户，请执行“pip install submit_cgap”。 否则，请执行“make build”。在
- 设置~/.cgap-keys.json凭据文件。在
有关这些安装步骤的详细信息，请参阅 Installing SubmitCGAP。在
入门
一旦poetry完成将此库安装到虚拟环境中， 您应该可以访问submit-metadata-bundle命令。 有关其论点的帮助，请执行以下操作：
^{pr2}$然而，对于许多情况，只需具体说明就足够了 要上载的捆绑文件以及站点或 CGAP beanstalk环境。 例如：
submit-metadata-bundle mymetadata.xls
此命令应该执行所有操作，包括上载引用的文件 如果它们在同一个目录中。（将要求确认。）
要仅为验证而调用它，而不提交任何内容，请执行以下操作：
submit-metadata-bundle mymetadata.xls --validate_only
您可以通过执行以下操作来继续执行上载部分：
resume-uploads <uuid> --env <env>
或者：
resume-uploads <uuid> --server <server>
您可以通过执行以下操作分别上载单个文件：
upload-item-data <filename> --uuid <item-uuid> --env <env>
或者：
upload-item-data <filename> --uuid <item-uuid> --server <server>
其中，<item-uuid>是单个项的uuid，而不是元数据包。在
- 项目
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