对ode模型的分析,重点是模型选择和参数估计。
stimator的Python项目详细描述
s-timator是一个分析基于ode的模型的python库 (也称为dynamic或dynamic模型)。这些模型经常被发现 在许多科学领域,特别是物理、化学、生物学和 工程。
功能包括:
- 一种用于描述模型的迷你语言:模型可以作为纯文本输入 遵循一种简单易懂的语言。
- 基本分析:ode的数值解,参数扫描。
- 参数估计和模型选择:给定实验数据 时间序列的形式和对模型工作范围的约束, 内置的数值优化器可以找到参数值并在 模型选择的实验设计。
s-timator正处于alpha阶段:许多新功能将很快提供。
要求
s-timator支持python版本2.7和3.3+。
s-timator依赖于“科学python堆栈”。必须 对s-timator的要求如下:
- Python (2.7 or 3.3+)
- numpy
- scipy
- matplotlib
- pip
建议使用以下“科学python”发行版之一,,因为它们都提供了
轻松安装所有要求
这些python库的安装是可选的,但强烈建议:
安装
安装所需的库之后,(Python,numpy,scipy, matplotlib)安装s-timator的最简单方法是 使用pip:
$ pip install stimator
或者,在anaconda/miniconda安装中,从aeferreira通道安装:
$ conda install -c aeferreira stimator