spat包实现了一个读取映射和反应性分析管道，用于从下一代读取的输入集计算shape seq反应性。
spats-shape-seq的Python项目详细描述
spat过程读取并计算多个rnas上shape seq实验的形状反应性。它接受fastq格式的原始成对末端序列读取，以及包含实验池中存在的rnas序列的目标序列文件。spat然后执行读取对齐，以计算每个rna中每个核苷酸在形状为（+）和（-）的通道中的读取端的分布。SPATS然后估计每个RNA的核苷酸分辨率形状反应性，使用基于模型驱动的最大似然过程，基于在形状SEQ实验中使用的逆转录酶过程的模型。SPATS是加州大学戴维斯分校的Aviran实验室、加州大学伯克利分校的Pachter实验室、华盛顿大学的Trapnell实验室和西北大学的Lucks实验室之间的合作。
SPAT是根据OSI批准的Boost许可证提供的。
http://luckslab.github.io/spats/
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