发现剪接导致的蛋白质组功能变化。
spada的Python项目详细描述
SPADA
spada（灵活发现的剪接导致的蛋白质改变）是研究病例对照研究中选择性剪接改变的功能影响的工具。这些变化被表示为同型开关，即情况下最好由一个同型表示，而控制最好由另一个不同的同型表示。然后，spada能够预测两种亚型之间哪些蛋白质特征正在改变，以及它们对蛋白质-蛋白质相互作用网络的影响。
要开始使用SPADA，只需使用
pip install spada
此软件包有两个主要功能：
- 从病例对照转录表达数据计算亚型转换：
spada switches --expression-control expression_ctrl.tsv \ --expression-case expression_case.tsv --minimum-expression 0.1 - 预测剪接对一组开关的蛋白质结构和相互作用组的影响：
spada function --switches switches.tsv
有关如何使用SPADA的详细信息，请访问wiki。
文件
引文
如果您在科学出版物中使用SPADA，我们将感谢您的引用：
Climente-González, H., Porta-Pardo, E., Godzik, A., and Eyras, E. (2017). The Functional Impact of Alternative Splicing in Cancer.Cell Reports 20, 2215–2226.
相关项目
- smartas：我们将spada应用于tcga的转录组学数据。这个存储库包含分析代码和主要结论。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
