上一个千年再分析(lmr)项目的脚本系统。
slmr的Python项目详细描述
SLMR
这是上个千年再分析项目的脚本系统, 或者LMR。
包依赖项
- p2k:用于pages2k数据集分析的函数集合(
pip install p2k
) - tqdm:python和cli的快速、可扩展的进度条(
pip install tqdm
) - prysm-api:代理系统建模(prysm)的api(
pip install prysm-api
) - dotmap:具有动态层次结构创建和有序迭代的点访问字典(
pip install dotmap
) - xarray:python中n-d标记的数组和数据集(
pip install xarray
) - netCDF4:netcdf4格式的python接口(
conda install netCDF4
) - pyspharm:ncar spherepack库的面向对象python接口(
conda install -c conda-forge pyspharm
)
功能
- [v0.1]在只有一个命令行的集群上运行带Slurm的lmr
- [v0.2]后期处理:从不同目录中选取具有相同文件名的文件
- [v0.3]lmr turbo(lmrt):具有多处理支持的lmr框架的打包版本
如何安装
简单地
pip install slmr
在你的PATH
中会有一个可执行的命令slmr
。
用法示例
下面是slmr
的一些用法示例。
有关详细信息,请检查
slmr -h
在泥浆
的情况下运行LMR我们需要先准备LMR所需的所有数据和配置, 然后我们可以在集群上用Slurm运行lmr 只有一个命令行:
slmr job -c config.yml -n 4 -nn hungus -rp 02000 -em slmr@gmail.com -x test_ccsm4 # slmr job: use the mode of submitting a slurm job# -c config.yml: use "config.yml" as a configuration template# -n 4 -nn hungus: run LRM with 4 threads on the node "hungus"# -rp 0 2000: reconstruction period to be from 0 to 2000 C.E.# -em slmr@gmail.com: notification will be sent to "slmr@gmail.com"# -x test_ccsm4: the experiment is named as "test_ccsm4"
后处理:选取文件
slmr pp pick_files -f gmt.npz -d dir1 dir2 -s ./gmt_files # slmr pp: use the mode of post-processing# pick_files: the post-processing task to be pick_files# -f gmt.npz: pick files named as "gmt.npz"# -d dir1 dir2: pick files from the specified directories dir1 and dir2; more dirs can be followed# -s ./gmt_files: save the found files to the directory "./gmt_files"
许可证
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