短读序列的站点标识。
sisrs的Python项目详细描述
#以用户身份运行sisrs
\install docker
请按照[此处]（https://docs.docker.com/install/）说明为您的操作系统安装
docker ce。
例如，如果您在ubuntu上
，您将遵循特定的说明
[这里]（https://docs.docker.com/install/linux/docker ce/ubuntu/）。
他们只是想卖给你一些东西。
注意，sisrs目前只在linux上运行。
##运行sisrs
首先使用上面获得的图像启动docker容器：
`docker run-it anderspitman/sisrs bash`
>然后从docker容器中：
`````
``````pip安装sisrs
sisrs python
````
sisrs
sisrs
=
sisrs：短读序列的站点标识
1.6.2版
版权所有（C）2013-2016 Rachel Schwartz<；Rachel.Schwartz@ASU.edu>；
https://github.com/rachel s s/sisrs
更多信息：Schwartz，R.S.，K.M Harkins，A.C.斯通和R.A.卡特赖特。2015。从下一代测序中识别系统发育信息数据的复合基因组方法。生物信息学。16:193.
（http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/193/）
《2014年进化论》描述了SISR及其应用：
https://www.youtube.com/watch？v=0ompuwc-j2e&list=uuq2czf2dnfviuvg4tyrh5ng
许可证
==
此程序是自由软件：您可以根据自由软件基金会发布的GNU通用公共许可证的条款（许可证的第3版）或（在您的（可选）任何更高版本。
本程序的发布目的是希望它会有用，但没有任何保证；甚至没有针对特定用途的适销性或适用性的隐含保证。详见GNU通用公共许可证。
（http://minia.genouest.org/）
*深渊（使用v.2.0.2进行测试）（http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/absis）
*鲍蒂2号（http://bowtie bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml）
*蟒蛇2.7，生物圈，和pysam
*samtools v1.3.1（http://www.htslib.org/）
*gnu parallel（http://www.gnu.org/software/parallel/）
*mafft（http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/）
*bbmap[需要Java]（https://sourceforge.net/projects/bbmap/）
input
=
illumina hiseq reads等数据。
数据必须按分类单元（例如物种或属）分类到文件夹中。
fastq格式的成对读取必须由（其他相同的）文件名中的r1和r2指定。
成对和非成对读取必须具有fastq文件扩展名。
sisrs
==
用法：
sisrs命令选项
默认情况下，sisrs假设
*参考基因组不可用，将使用velvet装配复合装配
*velvet在contig装配中使用的k-mer大小为21.
*只有一个处理器可用。
*文件采用fastq格式。
*成对读取的文件名以"r1"和"r2"结尾
*一个站点只需要有两个种类的数据才能包含在最终对齐中。
*包含读取的文件夹在当前工作中目录
*SISRS数据将输出到当前工作目录
*调用基A至少需要三次读取t一个分类单元的位点
运行SISRS子采样方案，子采样读取所有分类群的数据，覆盖范围为物种的10倍，相对于用户指定的基因组大小
**构建contigs**：给定子采样读取，使用用户指定的汇编程序运行sisrs复合基因组汇编
**aligncontigs**：以单端、唯一映射的方式对齐读取复合基因组
**mapcontigs**：将复合基因组读取与参考基因组（可选）对齐类群内无变化
**输出对齐**：SISRS站点的输出对齐文件
**更改缺失**：给定的站点对齐（alignment.nex），输出一个文件，其中每个站点只缺少少于指定数量的样本
\：fasta格式的参考基因组路径*[可选]*
*-k:k-mer size（用于程序集）*[默认值：21]*
*-f：包含读取文件夹的目录的绝对路径*[默认值：当前目录]*
*-z：指向空目录或不存在目录的绝对路径，其中sisrs将输出数据*[默认值：当前目录]*
*-n:调用站点上的基所需的读取数*[默认值：3]*
*-t:调用站点的阈值；例如0.99表示该分类单元的99%基必须是一个等位基因；仅建议用于具有<；3；的低倍性个体*[默认值：1（100%）]*
*-m：允许在一个位点有缺失数据的物种数量
*-o：用于定年的最终位点数据集的长度
*-l：等位基因数量
*-a：汇编程序[天鹅绒、迷你、深渊或premade；*默认值：天鹅绒*]
-如果使用预编码的复合基因组，它必须位于名为"premadeoutput"的文件夹中，该文件夹与读取数据的文件夹位于同一目录中，并且必须名为"contigs.fa"
*-s：运行"locits"[0,1,2]
-0[默认值]时要分析的位点，所有可变位点，包括单基因
-1，变量站点不包括单变量
-2，只有双等位变量站点
*-c：用于调用子命令的连续命令模式[1，0]
-1[默认值]：调用子命令将运行该子命令**，并运行管道中的所有后续步骤**
-0:仅调用子命令运行**该子命令
output
===
nexus file，其中变量站点在单个对齐方式中。在大多数主要的系统发育软件中，可用作仅与可变位点设置连接的对齐方式。
测试数据
==
文件夹test_data（https://github.com/rachelss/sisrs_test_data）包含simtree.tre中发现的10个物种的模拟数据。使用40个处理器，这次运行需要9分钟。使用raxml分析sisrs的对齐输出生成了正确的树。
sample commands
==
1。基本的sisrs运行：从fastq文件开始，生成可变站点的对齐方式
```
sisrs sites-g 1745690
```
2。基本的SISR运行时需要修改
```
SISR站点-g 1745690-p 40-m 4-f/usr/test_data-z/usr/output_data-t.99-a minia
```
3。仅运行sisrs读取子采样步骤
```
sisrs子采样-g 1745690-f/usr/test_data-c 0
```
4。根据基本SISR运行中最可变的轨迹生成轨迹对齐。注意-如果（并且仅当）以前没有运行过SISRS位点，则该命令将运行SISRS位点。
````
SISRS位点-G 1745690-P 40-L 2-F/USR/test_data首先是位点，然后是位点
sisrs位点-g 1745690-p 40-l 2-f/usr/sisrs位点输出将从以前的位点数据运行位点
```
5。从你的fastq文件中获取已知的基因座。
\install docker
请按照[此处]（https://docs.docker.com/install/）说明为您的操作系统安装
docker ce。
例如，如果您在ubuntu上
，您将遵循特定的说明
[这里]（https://docs.docker.com/install/linux/docker ce/ubuntu/）。
他们只是想卖给你一些东西。
注意，sisrs目前只在linux上运行。
##运行sisrs
首先使用上面获得的图像启动docker容器：
`docker run-it anderspitman/sisrs bash`
>然后从docker容器中：
`````
``````pip安装sisrs
sisrs python
````
sisrs
sisrs
=
sisrs：短读序列的站点标识
1.6.2版
版权所有（C）2013-2016 Rachel Schwartz<；Rachel.Schwartz@ASU.edu>；
https://github.com/rachel s s/sisrs
更多信息：Schwartz，R.S.，K.M Harkins，A.C.斯通和R.A.卡特赖特。2015。从下一代测序中识别系统发育信息数据的复合基因组方法。生物信息学。16:193.
（http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/193/）
《2014年进化论》描述了SISR及其应用：
https://www.youtube.com/watch？v=0ompuwc-j2e&list=uuq2czf2dnfviuvg4tyrh5ng
许可证
==
此程序是自由软件：您可以根据自由软件基金会发布的GNU通用公共许可证的条款（许可证的第3版）或（在您的（可选）任何更高版本。
本程序的发布目的是希望它会有用，但没有任何保证；甚至没有针对特定用途的适销性或适用性的隐含保证。详见GNU通用公共许可证。
（http://minia.genouest.org/）
*深渊（使用v.2.0.2进行测试）（http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/absis）
*鲍蒂2号（http://bowtie bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml）
*蟒蛇2.7，生物圈，和pysam
*samtools v1.3.1（http://www.htslib.org/）
*gnu parallel（http://www.gnu.org/software/parallel/）
*mafft（http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/）
*bbmap[需要Java]（https://sourceforge.net/projects/bbmap/）
input
=
illumina hiseq reads等数据。
数据必须按分类单元（例如物种或属）分类到文件夹中。
fastq格式的成对读取必须由（其他相同的）文件名中的r1和r2指定。
成对和非成对读取必须具有fastq文件扩展名。
sisrs
==
用法：
sisrs命令选项
默认情况下，sisrs假设
*参考基因组不可用，将使用velvet装配复合装配
*velvet在contig装配中使用的k-mer大小为21.
*只有一个处理器可用。
*文件采用fastq格式。
*成对读取的文件名以"r1"和"r2"结尾
*一个站点只需要有两个种类的数据才能包含在最终对齐中。
*包含读取的文件夹在当前工作中目录
*SISRS数据将输出到当前工作目录
*调用基A至少需要三次读取t一个分类单元的位点
运行SISRS子采样方案，子采样读取所有分类群的数据，覆盖范围为物种的10倍，相对于用户指定的基因组大小
**构建contigs**：给定子采样读取，使用用户指定的汇编程序运行sisrs复合基因组汇编
**aligncontigs**：以单端、唯一映射的方式对齐读取复合基因组
**mapcontigs**：将复合基因组读取与参考基因组（可选）对齐类群内无变化
**输出对齐**：SISRS站点的输出对齐文件
**更改缺失**：给定的站点对齐（alignment.nex），输出一个文件，其中每个站点只缺少少于指定数量的样本
\：fasta格式的参考基因组路径*[可选]*
*-k:k-mer size（用于程序集）*[默认值：21]*
*-f：包含读取文件夹的目录的绝对路径*[默认值：当前目录]*
*-z：指向空目录或不存在目录的绝对路径，其中sisrs将输出数据*[默认值：当前目录]*
*-n:调用站点上的基所需的读取数*[默认值：3]*
*-t:调用站点的阈值；例如0.99表示该分类单元的99%基必须是一个等位基因；仅建议用于具有<；3；的低倍性个体*[默认值：1（100%）]*
*-m：允许在一个位点有缺失数据的物种数量
*-o：用于定年的最终位点数据集的长度
*-l：等位基因数量
*-a：汇编程序[天鹅绒、迷你、深渊或premade；*默认值：天鹅绒*]
-如果使用预编码的复合基因组，它必须位于名为"premadeoutput"的文件夹中，该文件夹与读取数据的文件夹位于同一目录中，并且必须名为"contigs.fa"
*-s：运行"locits"[0,1,2]
-0[默认值]时要分析的位点，所有可变位点，包括单基因
-1，变量站点不包括单变量
-2，只有双等位变量站点
*-c：用于调用子命令的连续命令模式[1，0]
-1[默认值]：调用子命令将运行该子命令**，并运行管道中的所有后续步骤**
-0:仅调用子命令运行**该子命令
output
===
nexus file，其中变量站点在单个对齐方式中。在大多数主要的系统发育软件中，可用作仅与可变位点设置连接的对齐方式。
测试数据
==
文件夹test_data（https://github.com/rachelss/sisrs_test_data）包含simtree.tre中发现的10个物种的模拟数据。使用40个处理器，这次运行需要9分钟。使用raxml分析sisrs的对齐输出生成了正确的树。
sample commands
==
1。基本的sisrs运行：从fastq文件开始，生成可变站点的对齐方式
```
sisrs sites-g 1745690
```
2。基本的SISR运行时需要修改
```
SISR站点-g 1745690-p 40-m 4-f/usr/test_data-z/usr/output_data-t.99-a minia
```
3。仅运行sisrs读取子采样步骤
```
sisrs子采样-g 1745690-f/usr/test_data-c 0
```
4。根据基本SISR运行中最可变的轨迹生成轨迹对齐。注意-如果（并且仅当）以前没有运行过SISRS位点，则该命令将运行SISRS位点。
````
SISRS位点-G 1745690-P 40-L 2-F/USR/test_data首先是位点，然后是位点
sisrs位点-g 1745690-p 40-l 2-f/usr/sisrs位点输出将从以前的位点数据运行位点
```
5。从你的fastq文件中获取已知的基因座。
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