根据肽序列计算前两个同位素浓度。
seq-to-first-iso的Python项目详细描述
顺序到第一个ISO
< Buff行情>根据肽序列计算前两个同位素浓度
Seq to First ISO计算肽的同位素M0和M1，12C富集度为99.99%，通过薄型标签进行定量。 它通过区分标记的和未标记的氨基酸来模拟营养缺陷。
文档可以在这里找到
尝试使用binder进行演示：
安装
具有PIP
$ pip install seq-to-first-iso
使用conda
$ conda install seq-to-first-iso -c bioconda
开发人员模式
安装conda
克隆回购：
$ git clone https://github.com/pierrepo/seq-to-first-iso
$ cd seq-to-first-iso
创建Conda环境：
$ conda env create -f environment.yml
备注：对于完全可复制的环境，您也可以使用：
$ conda env create -f environment.lock.yml
激活Conda环境：
$ conda activate seq-to-first-iso
安装本地软件包：
$ pip install -e .
用法
脚本获取一个每行包含一个氨基酸序列的文件，并返回该文件的tsv，其中列：
<表><广告>安装后，可以使用以下命令调用脚本：
$ seq-to-first-iso filename [-o output_name][-n amino_acids...]
可选参数放在方括号中
如果文件名是正确的文件，这将创建文件名
0.3.0:输入文件可以在序列之前用表格分隔注释
0.4.0:支持x！串联添加翻译后修改
选项
-h，--帮助 提供帮助页-v，--版本：
提供版本-o，--输出 更改输出文件的名称-n，--无标签aa：
取1个或多个氨基酸，用逗号分隔
示例
- 您可以提供保留默认同位素丰度的氨基酸列表：
假设肽.txt：
YAQEISR
VGFPVLSVKEHK
LAMVIIKEFVDDLK
命令
$ pip install seq-to-first-iso
将创建肽 <表><广告>
其中，在12c富集条件下，用未标记的缬氨酸和色氨酸计算同位素强度m0 c和m1 c（v和w具有默认同位素丰度）
- 您可以更改输出文件的名称：
$ pip install seq-to-first-iso
将创建名为sequence.tsv的文件
学分
活页夹
- Jupyter等人，"活页夹2.0——可复制、交互式、可共享的大规模科学环境"，《第17届蟒蛇科学会议论文集》。2018。10.25080/MAJORA-4AF1F417-011
生物保密协议：
- 格吕宁、比约恩、瑞安·戴尔、安德烈亚斯·舍丁、布拉德·A·查普曼、吉利安·罗、克里斯托弗·汤金斯·廷奇、雷南·瓦利里斯、比奥康达团队和约翰内斯·科斯特。2018。"Bioconda：生命科学的可持续和全面的软件分发"。自然方法，2018 doi:10.1038/s41592-018-0046-7。
MIDAS：
- Alves G，Ogurtsov Ay，Yu YK（2014）可调质量精度的分子同位素分布分析（MIDAS）。J AM SOC质谱，25:57-70.doi:10.1007/s13361-013-0733-7
pytecomics：
Goloborodko，A.A.；Levitsky，L.I.；Ivanov，M.V.；和Gorshkov，M.V.（2013年），"pytecomics-蛋白质组学中探索性数据分析和快速软件原型的python框架"，美国质谱学会杂志，24（2），301–304。doi:10.1007/s13361-012-0516-6
Levitsky，L.I.；Klein，J.；Ivanov，M.V.；和Gorshkov，M.V.（2018年），"Pyteomics 4.0：蟒蛇蛋白质组学框架的五年发展"，蛋白质组研究杂志。doi:10.1021/acs.jproteome.8b00717
苗条标签：
- Léger T、Garcia C、Collomb L、Camadro JM。一个简单的光同位素代谢标记（slim标记）策略：一个解决体内蛋白质组变化动力学的强大工具。分子细胞蛋白质组学。2017年；16（11）：2017-2031年。doi:10.1074/mcp.m117.066936
更改日志
开发
0.5.1（2019-07-10）
已修复
- seq_to_xcomp（）现在可以正确地将pytecomics.mass.composition对象作为第二个参数
0.5.0（2019-07-03）
添加了
- cli中版本号的标志
- 带活页夹环境的Jupyter笔记本，用于演示
- 有关阅读文档的文档
- conda上的可争议性
已更改
- 中断更改：将seq_to_midas（）更改为seq_to_xcomp（）
- 中断更改：将seq_to_tsv（）更改为seq_to_df（）
0.4.3（2019-06-26）
已修复
- 修复未安装WI的要求TH
PIP安装
0.4.2（2019-06-25）
已修复
- 修复setup.cfg的安装要求
0.4.1（2019-06-24）
- 将numpydoc样式扩展到seq_to_first_iso.py中的所有函数
0.4.0（2019-06-21）
已更改
- 添加对xtandem分析的支持
- 中断更改：sequence_parser（）现在返回一个dict，其中包含"annotations"、"raw_sequences"、"sequences"、"modifications"和"ignored_lines"
- add get_mods_composition（），它从unimod ptms的列表中返回一个组合
- 如果提供了-o标志，请删除附加的"\u stfi"
0.3.0（2019-04-18）
已更改
- 在序列之前添加对带有注释的文件的支持
- 中断更改：sequence_parser（）现在返回（注释、序列、忽略的行）
- seq_to_tsv（）现在接受（序列，未标记的_aa，注释=无）
已修复
- 输出文件现在附加了"\u stfi"，以区别于同名的.tsv输入文件
0.2.1（2019-04-17）
- 格式更改日志
0.2.0（2019-04-17）
- 添加bumpversion
已更改
- seq_to_tsv（）不再写入文件，而是返回一个数据帧
0.1.0（2019-04-08）
- 首次发布
BSD 3条款许可证
版权所有（c）2019，杨丽莲版权所有。 版权所有（c）2019，Pierre Poulain保留所有权利。
在满足以下条件的情况下，允许以源代码和二进制格式重新分发和使用（无论是否修改）：
源代码的重新分发必须保留上述版权声明、此条件列表和以下免责声明。
以二进制形式重新分发必须在分发时提供的文档和/或其他材料中复制上述版权声明、本条件列表和以下免责声明。
未经事先书面许可，版权所有人的姓名或其贡献者的姓名均不得用于认可或推广由本软件衍生的产品。
本软件由版权所有人和贡献者"按原样"提供，任何明示或默示保证，包括但不限于对适销性和特定用途适用性的默示保证，概不负责。在任何情况下，版权持有人或贡献者均不对任何直接、间接、附带、特殊、惩戒性或后果性损害（包括但不限于替代货物或服务的采购；使用、数据或利润的损失；或业务中断）承担责任，无论其原因如何，也不论其责任理论是否在合同中，由于使用本软件而产生的任何形式的严格责任或侵权行为（包括疏忽或其他），即使已告知此类损害的可能性。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
