在scipion框架中使用resmap程序的插件
scipion-em-resmap的Python项目详细描述
此插件为ResMap program提供包装。
安装
您需要使用2.0版本的scipion才能运行这些协议。要安装插件,有两个选项:
- 稳定版本
scipion installp -p scipion-em-resmap
开发人员版本
- download repository
git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-resmap.git
- install
scipion installp -p path_to_scipion-em-resmap --devel
RestMax二进制文件将自动安装在插件中,但您也可以链接现有的安装。 假定默认安装路径为software/em/resmap-1.95,如果要更改该路径,请在scipion.conf文件中设置resmap\u home,指向安装resmap的文件夹。resmap binary(默认resmap-1.95-cuda-centos7x64)和cuda lib module(默认resmap-krnl-cuda-v8.0.61-sm60-gpu.so)可以分别由resmap和resmap变量设置。
要检查安装,只需运行以下scipion测试:scipion test resmap.tests.test_protocols_resmap.TestResMap
执行scipion test --show--grep resmap
支持的版本
1.95
协议
- 局部分辨率
参考文献
- Kucukelbir A.等人(2014)量化低温电磁密度图的局部分辨率。自然方法11,63-65。