在scipion框架中使用resmap程序的插件

scipion-em-resmap的Python项目详细描述


此插件为ResMap program提供包装。

build status

安装

您需要使用2.0版本的scipion才能运行这些协议。要安装插件,有两个选项:

  1. 稳定版本
scipion installp -p scipion-em-resmap
  1. 开发人员版本

    • download repository
    git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-resmap.git
    
    • install
    scipion installp -p path_to_scipion-em-resmap --devel
    

RestMax二进制文件将自动安装在插件中,但您也可以链接现有的安装。 假定默认安装路径为software/em/resmap-1.95,如果要更改该路径,请在scipion.conf文件中设置resmap\u home,指向安装resmap的文件夹。resmap binary(默认resmap-1.95-cuda-centos7x64)和cuda lib module(默认resmap-krnl-cuda-v8.0.61-sm60-gpu.so)可以分别由resmapresmap变量设置。

要检查安装,只需运行以下scipion测试:scipion test resmap.tests.test_protocols_resmap.TestResMap

执行scipion test --show--grep resmap

支持的版本

1.95

协议

  • 局部分辨率

参考文献

  1. Kucukelbir A.等人(2014)量化低温电磁密度图的局部分辨率。自然方法11,63-65。

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