在scipion框架中使用locscale程序的插件
scipion-em-locscale的Python项目详细描述
这个插件提供了LocScale程序的包装器,用于cryo-em密度图的局部锐化。
安装
您需要使用2.0版本的scipion才能运行这些协议。要安装插件,有两个选项:
稳定版本
scipion installp -p scipion-em-locscale
开发人员版本
- 下载存储库
git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-locscale.git
- 安装
scipion installp -p path_to_scipion-em-locscale --devel
locscale源将随插件自动下载, 但您也可以链接现有的安装。 假定默认安装路径为software/em/locscale-0.1, 如果要更改,请在^{tt2}中设置locscale\u home$ 文件到安装locscale的文件夹。 LooSc垢使用EMAN2库,因此需要提供现有的EMAN2。 通过设置eman2_home变量安装路径 (默认的eman-2.3)在配置文件中。
注意:mpi4py将安装在eman的python中
要检查安装,只需运行以下scipion测试:
scipion test locscale.tests.test_protocol_locscale.TestProtLocscale
执行scipion test --show--grep locscale
支持的版本
0.1
协议
- 局部锐化
参考文献
- Jakobi A.等人,Elife,2017年