在scipion框架中使用locscale程序的插件

scipion-em-locscale的Python项目详细描述


这个插件提供了LocScale程序的包装器,用于cryo-em密度图的局部锐化。

build status

安装

您需要使用2.0版本的scipion才能运行这些协议。要安装插件,有两个选项:

  1. 稳定版本

    scipion installp -p scipion-em-locscale
    
  2. 开发人员版本

    • 下载存储库
    git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-locscale.git
    
    • 安装
    scipion installp -p path_to_scipion-em-locscale --devel
    

locscale源将随插件自动下载, 但您也可以链接现有的安装。 假定默认安装路径为software/em/locscale-0.1, 如果要更改,请在^{tt2}中设置locscale\u home$ 文件到安装locscale的文件夹。 LooSc垢使用EMAN2库,因此需要提供现有的EMAN2。 通过设置eman2_home变量安装路径 (默认的eman-2.3)在配置文件中。

注意:mpi4py将安装在eman的python中

要检查安装,只需运行以下scipion测试:

scipion test locscale.tests.test_protocol_locscale.TestProtLocscale

执行scipion test --show--grep locscale

支持的版本

0.1

协议

  • 局部锐化

参考文献

  1. Jakobi A.等人,Elife,2017年

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