scipion-em-gctf 1.0.7

安装

您需要使用2.0版本的scipion才能运行这些协议。要安装插件，有两个选项：

1. 稳定版本

   scipion installp -p scipion-em-gctf
   

2. 开发人员版本

   • 下载存储库

   git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-gctf.git
   

   • 安装

   scipion installp -p path_to_scipion-em-gctf --devel
   

GCTF二进制文件将与插件自动安装，但也可以链接现有的安装。 假定默认安装路径为software/em/gctf-1.18，如果要更改它，请将scipion.conf文件中的gctf_home设置为安装gctf的文件夹。根据CUDA版本和GPU卡计算功能，您可能希望通过显式设置gctf变量将默认二进制文件从Gctf_v1.18_b2_sm60_cu8.0更改为其他二进制文件。如果需要使用不同于scipion安装期间使用的cuda（由cuda-lib定义），可以将gctf-cuda-lib变量添加到配置文件中。各种二进制文件可以从gctf官方网站下载。

要检查安装，只需运行以下scipion测试之一：

scipion test gctf.tests.test_protocols_gctf.TestGctfRefine
scipion test gctf.tests.test_protocols_gctf.TestGctf

支持的版本

1.06和1.18。

1.18是专为VPP数据设计的特殊版本，它不支持本地/电影CTF优化或验证选项。

协议

• CTF估计
• CTF优化

参考文献

1. 张克（2016）。GCTF：实时CTF测定和校正。JSB，193:1-12。