scipion-em-ccp4 1.0.12

ccp4 scipion插件

这个插件允许在scipion框架中使用ccp4程序。

ccp4来自协作计算项目4，是一个软件套件，它允许通过x射线晶体学获得大分子结构的模型构建，并且已经扩展到其他技术，如cryo-em（参见CCP4 home page了解详细信息）。

CCP4项目包含在建模的科学框架中：

• coot
• refmac

安装此插件

您需要使用2.0.0版本的scipion来运行这些协议。要安装插件，有两个选项：

• 稳定版本

scipion installp -p scipion-em-ccp4

或

• through the plugin manager GUI by launching Scipion and following Configuration >> Plugins

• 开发者版本

1. 下载存储库：

git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-ccp4.git

1. 安装：

scipion installp -p path_to_scipion-em-ccp4 --devel

• 二进制文件

ccp4二进制文件将not与插件一起自动安装。在运行程序之前，需要用户独立安装ccp4软件套件。假定默认安装路径为/usr/local/ccp4-7.0；此路径或任何其他首选项都必须在ccp4\u home中的scipion.conf中设置。我们建议安装ccp4 7.0.056或更高版本。

• 测试

使用CCP4版本进行测试：7.0.056和7.0.066。

要检查安装，只需运行以下scipion测试：

• scipion test ccp4.tests.test_protocol_coot_refmac

• 支持的ccp4版本

7.0.056或更高。

• 附加指令

见https://github.com/scipion-em/scipion-em-ccp4/wiki

协议

• COOT细化：分子交互图形应用，用于灵活拟合、细化、模型完成和电子密度图的大分子结构验证。请参阅coot实用程序的details。
• refmac：关于电子密度图的大分子结构fourier空间自动求精程序。请参见refmac实用程序的`<；http://www.ccp4.ac.uk/html/refmac5/description.html>；`。

示例

见Model Building Tutorial

buildbot状态

状态开发版本：

状态生产版本：