联合分析核糖和核糖核酸序列数据的scikit框架
scikit-ribo的Python项目详细描述
《入门入门入门
本文档将向您展示如何安装和运行scikit ribo。
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scikit ribo是一个开放源码的软件，用于全基因组范围内精确基因组范围内精确基因组范围内的开放源码软件。本文档将向您展示如何安装和运行scikit ribo。什么是scikit ribo scikit-ribo scikit-ribo scikit-ribo？
scikit ribo scikit-ribo是一个开放源码-位点预测和翻译效率
根据核糖核酸序列和核糖核酸序列数据推断。
https://github.com/hanfang/scikit ribo
简介
----
-**核糖体A位点位置预测**使用具有递归特征选择的随机林
-**翻译效率推断**使用具有岭惩罚的密码子lvel广义线性模型
-准备orf的数据预处理步骤，基因组密码子：``scikit-rib build.py`
-实际的模型训练和拟合：``scikit-rib run.py`
详细的工作流程
----
。图片：：images/methods.png
：align:center
：scale:75%
（fasta）
输出
----
-基因翻译效率估计
-61个有意义密码子的翻译延伸率
-每个基因的核糖体轮廓图
-模型的诊断图
“scikit-rib：密码子分辨率下翻译动力学的精确推理和稳健建模”（预印本即将出版）
联系
——
<韩方
>>美国斯敦布鲁克大学和冷泉港实验室
>电子邮件：hanfafafang.cshl@gmail.com需求
环境
——
-python3
-linux
-建议使用“conda<；https://conda.io/docs/index.html>；`
dependencies
----
-命令行包：
+——————————————————————————————————————————————————————————————————————————————=
+===+==+==+===+
bedtools 2.26.0
+———————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————
========================================+
+————————————————————————————————————————————————————————————| 1.11.2
>+--------------
>大熊猫0.19.2；
+--------
<0.7.8；
>+--------->
<0.7.5；
>+--------->
>
<0.9.1.4；
>>>>+-------
>>
------
<0.9.1.4；<——————————————————————————————————————————————————————————————|scikit_u learn 0.18
+————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————将自动拉取并安装以下所有依赖项。
installation
安装带有PIP的SCIKIT RIBO:：
PIP安装SCIKIT RIBO
2。安装SCIKIT RIBO，Conda/Biocodon:：
3。从源代码编译：
git clone https://github.com/hanfang/scikit ribo.git
cd scikit ribo
python setup.py install
安装成功后，如果键入：：
，则会出现以下情况。图像：：图像/成功安装。png
：对齐：居中
：比例：75%
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scikit ribo scikit-ribo是一个开放源码-位点预测和翻译效率
根据核糖核酸序列和核糖核酸序列数据推断。
https://github.com/hanfang/scikit ribo
简介
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-**核糖体A位点位置预测**使用具有递归特征选择的随机林
-**翻译效率推断**使用具有岭惩罚的密码子lvel广义线性模型
-准备orf的数据预处理步骤，基因组密码子：``scikit-rib build.py`
-实际的模型训练和拟合：``scikit-rib run.py`
详细的工作流程
----
。图片：：images/methods.png
：align:center
：scale:75%
（fasta）
输出
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-基因翻译效率估计
-61个有意义密码子的翻译延伸率
-每个基因的核糖体轮廓图
-模型的诊断图
“scikit-rib：密码子分辨率下翻译动力学的精确推理和稳健建模”（预印本即将出版）
联系
——
<韩方
>>美国斯敦布鲁克大学和冷泉港实验室
>电子邮件：hanfafafang.cshl@gmail.com需求
环境
——
-python3
-linux
-建议使用“conda<；https://conda.io/docs/index.html>；`
dependencies
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-命令行包：
+——————————————————————————————————————————————————————————————————————————————=
+===+==+==+===+
bedtools 2.26.0
+———————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————
========================================+
+————————————————————————————————————————————————————————————| 1.11.2
>+--------------
>大熊猫0.19.2；
+--------
<0.7.8；
>+--------->
<0.7.5；
>+--------->
>
<0.9.1.4；
>>>>+-------
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<0.9.1.4；<——————————————————————————————————————————————————————————————|scikit_u learn 0.18
+————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————将自动拉取并安装以下所有依赖项。
installation
安装带有PIP的SCIKIT RIBO:：
PIP安装SCIKIT RIBO
2。安装SCIKIT RIBO，Conda/Biocodon:：
3。从源代码编译：
git clone https://github.com/hanfang/scikit ribo.git
cd scikit ribo
python setup.py install
安装成功后，如果键入：：
，则会出现以下情况。图像：：图像/成功安装。png
：对齐：居中
：比例：75%
欢迎加入QQ群-->： 979659372
