**scbase**是一个python实现的“软”零和一个膨胀模型,用于根据scrna序列数据估计细胞等位基因比例
scbase的Python项目详细描述
scbase
等位基因特异性表达(ase)在单细胞分离中可以更详细地揭示基因表达的随机性和动态性特征。然而,由于每个细胞测序覆盖的深度极低,分析单细胞ase带来了独特的分析挑战。此外,由于随机单等位基因突变的频繁发生,等位基因比例往往形成u形或w形分布。我们提出了一种新的方法scbase,这是一种“软”零和一膨胀的细胞等位基因比例模型,在该模型中,我们通过利用从细胞群体背景中获得的信息来处理数据的稀疏性和可变性。
- 自由软件:麻省理工学院许可证
- 文档:https://churchill-lab.github.io/scBASE/
历史记录
0.1.0(2018-08-02)
- pypi上的第一个版本。