sam-alignment-reconstructor 0.0.5

概述

此包旨在使用雪茄绳和md:z标记从sam文件重建成对对齐

它可以作为一个独立的命令行工具使用，或者当上面给出三个元素时作为库使用。

用法

要安装软件包，请启用要使用它的虚拟环境并运行

$ pip install sam-alignment-reconstructor
$ cat file.sam | sam-alignment-reconstructor

MS2007487-600V3:1:2109:08999:01136
TTCGAAATCTCACGCTCTTTACTGAAGACCCAGATAGAGCTTATCCTAAT
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TTCGAAATCTCACGCTCTTTACTGAAGACCCAGNTAGAGCTTATCCTAAT

CAGGATACTGTGTGGGAGAGGTTCGAGCAGGTATTTTTAGTGGCCTATG-
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TCTCCGACAGTTTTATGAGGACAACATCATGTATGTGGAGATCAGAGCAC
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TCTCCGACAGTTTTATGAGGACAACATCACGTATGTGGAAATCAGAGCAC

开发

要准备开发库的环境，请创建一个虚拟环境，转到项目根目录，然后运行：

$ pip install -e .[dev]

测试

推荐的方法是测试使用排毒。 这允许轻松地在所有受支持的python版本中使用虚拟环境进行测试。 要使用，请安装它，然后在项目根目录下运行：

$ pip install detox
$ detox

或者，可以在与dev one相同的环境中进行测试，方法是安装依赖项，然后运行pytest:

$ pip install -e .[test]
$ python -m pytest -s